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高二学生花冈真琴有一个“不寻常”的地方，那就是他虽然是男生，但在学校里却以女生的身份生活。某天，真琴收到一封情书，内容是“放学后请留在教室里，我有话想对你说”放学后，出现在真琴面前的是一年级的学妹，苍井咲。

一起吃午饭已经成为真琴、咲，以及理解真琴的青梅竹马龙二的日常。然而，学校迎来了暑假，看到咲因为见不到真琴而感到悲伤，龙二便将从真琴那里借来的笔记本交给了咲。咲借着还笔记本的名义兴冲冲地拜访花冈家，却发现家里的真琴是男孩子的模样……

“你还喜欢这种女孩子气的东西吗？”母亲问道。为了不让母亲伤心，真琴撒谎说自己已经不再喜欢可爱的东西了。他决定不再喜欢可爱的东西，并在学校里以男孩子的身份生活。此外，他向咲告白，希望咲能和他交往……

在校庆派对结束后，真琴和咲之间的距离又拉近了一些。真琴也逐渐和同班同学们打成一片。看到这样的真琴，龙二内心感到一丝不安。某天，三人决定在假期一起去水族馆。在咲的巧妙安排下，三人在水族馆度过了愉快的时光。然而，在回程的电车上，龙二感到了一种莫名的违和感。

咲和龙二决定去观看真琴作为外援参加的篮球赛。在看比赛时，龙二向咲确认是否真的喜欢真琴。面对询问，咲反问龙二，龙二毫不犹豫地回答了咲。面对龙二的回答，咲忍不住流下了泪水……

咲决定放弃追求真琴，于是三人不再一起吃午饭。与此同时，二年级的真琴他们收到了未来进路调查表。究竟是想作为女孩子生活，还是作为男孩子生活？告白，还是不告白？在每个人都为未来的选择而苦恼时，文化祭氛围逐渐高涨起来。

龙二一直隐藏着对真琴的感情。尽管他对自己被身为同性的真琴吸引感到抵触，并曾试图远离，但最终他选择将感情隐藏起来，以青梅竹马的身份默默守护着真琴。与此同时，真琴也选择隐瞒自己看到龙二学生证上的照片的事实，继续假装平静地与龙二相处。然而，龙二逐渐察觉到了真琴的异样……

咲接到祖母倒下的消息后马上赶往医院，她在海外工作的父亲接到消息后也急忙回国。咲很高兴能与久未见面的父亲团聚，并一起在日本度过圣诞。与此同时，龙二也邀请真琴一起过圣诞节。

圣诞节当天，咲独自前往天文馆。但在回来的路上，她偶然看到了某人坐在出租车上。咲拼命追赶那辆出租车的同时，真琴也正在前往龙二家里的路上。本该不会相遇的两人，意外地相遇了……

自从分手后，真琴和龙二再也没有一起吃饭，也没有交谈过。得知此事的咲，制定了一个计划来帮助两人和好。就在真琴和龙二试图面对彼此的同时，咲也在意想不到的地方遇到了一个意想不到的人。

在咲被允许与母亲见面后，真琴这些二年级生也迎来了修学旅行。真琴告诉了咲和龙二自己在修学旅行结束后想要实现的一个目标。真琴下定决心的同时，某个人也鼓起勇气，对真琴说：“修学旅行的自由行动能和我一起吗……”

在父亲的建议下，真琴去见他素未谋面的祖父。在与祖父一起度过的时光中，真琴逐渐理清了自己的感情。祖父一直坚持守护自己喜欢的事物，并按自己的方式生活。最后，真琴怀着某种决心返回家中。