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Tony Stark llega a Japón con el objetivo de establecer la Estación Arco como primer paso de su Iniciativa por la Paz Mundial. Frente a todo Japón, anuncia su nuevo modelo de Iron Man, Iron Man Dio, con él mismo en el asiento del piloto. Pero durante la demostración, Dio falla debido a un misterioso error en el sistema operativo.

El ministro de Defensa, Kuroda, acusa a Tony Stark de tratar de evitar la controversia introduciendo plutonio en Japón a bordo de un carguero indefenso. Este barco ha sido atacado y el plutonio robado, lo que representa una grave amenaza. Tony se pone la armadura de Iron Man y promete recuperar el plutonio y limpiar su nombre.

Nanami está tratando de llegar al fondo de la ola de huracanes extraños que han matado a dos científicos notables. Su búsqueda la lleva al profesor Sakamoto y a su antiguo alumno, el Dr. Tanaka. Sakamoto y Tanaka fueron una vez parte de algo llamado Proyecto Tesla, que estaba trabajando para controlar el clima. ¿Es el proyecto Tesla parte del clima extraño que ataca a Japón, e incluso si se dan cuenta, cómo lo detienen? ¿Podrá Iron Man derrotar al clima?

Tony Stark está respaldando un evento de carreras de caridad para pulir la imagen de Industrias Stark. Mientras tanto, A.I.M./Zodiac se gana a Kawashima, un piloto de carreras que ha sufrido lesiones que amenazan su carrera, y le prometen que sanarán sus heridas si acaba con Tony Stark.

El Dr. Tanaka le informa a Tony que ha estallado una misteriosa epidemia cerca de la Estación Arc. La enfermedad desenfrenada y mortal parece imparable, y Tony inicia su propia investigación sobre la causa. Mientras tanto, los satélites de reconocimiento de las Fuerzas de Autodefensa están fallando y Nagato Sakurai visita a Iron Man para pedirle ayuda. Stark y Sakurai unen fuerzas cuando descubren que Zodiac Mech Aquarius puede estar detrás de ambos.

Cuando la Estación Arc tiene una serie de fallas, Tony y el Dr. Tanaka descubren que un virus informático Zodiac ha infectado los sistemas operativos de la Estación. El virus se propaga a las computadoras bancarias de cajeros automáticos de la ciudad, computadoras de navegación de trenes y controles de tráfico, causando caos. Tony decide que la única forma de combatir el virus es dibujarlo en otra computadora... ¡su computadora de a bordo Iron Man!

Tony y el Dr. Tanaka se despiertan en una isla aislada sin tener idea de cómo llegaron allí y sin esperanza de salir de la isla. Sin su reactor de arco que salva vidas y sin su armadura de Iron Man, ¿cómo podrán escapar Tony y Chika? Y, ¿quién los puso allí en primer lugar?

Tony Stark conoce a Aki, una joven misteriosa con extraños poderes. Tony se sorprende cuando la niña le dice que pertenece a Zodiac y menciona que necesita a Tony, como Iron Man, para protegerla de Zodiac. ¿Aki es quien dice ser? E incluso si lo es, ¿cómo puede Tony confiar en ella?

El plutonio necesario para cebar la Estación Arc es robado y Tony debe ponerse la armadura de Iron Man y luchar contra Dio. Los dos Hombres de Hierro deben luchar hasta la muerte, con el destino de Japón en juego.

"¡Iron Man está muerto!" La Dra. Chika Tanaka escucha estas sorprendentes palabras de los propios labios de Yinsen. Mientras tanto, Tony Stark, gravemente herido, sobrevive con la ayuda de Nagato Sakurai y debe idear una manera de derrotar a Dio de una vez por todas. Pero lo que espera la llegada de Iron Man no es solo Dio, sino también cuatro modelos de Iron Man Sigma. ¿Cómo superará Tony Stark la situación desesperada en la que se encuentra?

Tony Stark, considerado responsable del evento en Arc Station, es arrestado por el gobierno japonés. Pero durante el transporte, las explosiones sacuden el edificio del parlamento de la Dieta y surgen sospechas de que Stark está detrás. ¿Podrá Tony Stark limpiar su nombre y eliminar la verdadera amenaza detrás del atentado de Diet?

Tony Stark descubre la impactante verdad detrás de Zodiac. Iron Man debe reunir toda la fuerza que le queda para detener las nefastas ambiciones de su mayor adversario, el hombre detrás de Zodiac. Pero, cuando un rostro familiar entra en el campo de batalla, ¿podrá hacer lo que hay que hacer?