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作为世界和平的第一步，为建设方舟站而来到日本的托尼·斯塔克。在面向日本国民的纪念典礼上，发布新型机钢铁侠迪奥。典礼顺利结束，但新型机迪奥在整备中突然发生原因不明的暴走飞走了。穿上钢铁侠战衣追踪的斯塔克，但眼前出现了自称天蝎座的黄道十二宫战士……

与运输中的核被某人强夺的事件相关，因为启动方舟站需要核，托尼·斯塔克从黑田防卫大臣那里听到自己被怀疑携带核。为了洗清自己的冤屈而奋斗的斯塔克能洗清嫌疑吗！？

因为各地发生巨大龙卷风的事件，太田七海拜访了过去与田中知佳共同推进气象研究的坂本教授。在推进采访中，坂本说出了某个项目的名字。毫不留情破坏街道的超特大龙卷风！勇敢冲入的钢铁侠！

曾经被称为死亡商人、君临军需产业顶点的男人，托尼·斯塔克。他为了抹去死亡商人的形象，以慈善活动为名，计划进军赛车运动。其测试驾驶员是本被认为作为赛车手再起无望的、名叫川岛的男人。

托尼·斯塔克从田中知佳那里收到方舟站附近发生神秘感染症的通知。感染不知停止地肆虐，托尼·斯塔克为了查明原因开始调查。同时，自卫队的侦察卫星发生了原因不明的故障，樱井长门前来请求钢铁侠的协助。

发生了方舟站的主程序本身被劫持的事态，系统无视托尼·斯塔克他们的命令开始暴走。然后，站内显示器上映出诡异的鱼形物体。斯塔克为了防止正体不明敌人的进一步黑客攻击，采取了出乎意料的策略。

在倾盆大雨中，浑身湿透的田中知佳来到托尼·斯塔克那里。出来迎接的斯塔克突然被某人弄睡……恢复意识时，那里是被丢弃废弃物的远海孤岛。在没有钢铁侠战衣的绝望状况下，与一同被绑架的田中知佳尝试决死逃脱的托尼·斯塔克。

托尼·斯塔克遇到了一位拥有不可思议力量的少女。少女的名字是亚纪。对自称是黄道十二宫的亚纪的话，托尼·斯塔克怀疑自己的耳朵。亚纪希望拥有作为钢铁侠强大力量的托尼·斯塔克保护自己不受黄道十二宫侵害……

用于启动方舟站的钚被因森夺走的托尼·斯塔克。穿上钢铁侠战衣向迪奥挑战！在那里被揭示的因森的过去……因奇异命运再会的两个男人……然后，两架钢铁侠之间的死斗宣告开始！

钢铁侠，死去。从因森口中听到惊人事实的田中知佳。对因森的要求感到惊愕的日本政府。相信托尼·斯塔克生存，尝试从被占据的方舟站逃出的七海。然后，为了粉碎因森的野心，作为钢铁侠飞起的遍体鳞伤的托尼·斯塔克。

托尼·斯塔克被追究方舟站发生的本次事件的责任，其人身被政府拘束……。在押送过程中，最坏的事态发生了。国会议事堂被轰炸，而且由于恐怖分子要求释放托尼·斯塔克的发言，甚至出现了托尼·斯塔克是否与黄道十二宫内通的疑惑……

托尼·斯塔克从樱井长门那里得知了至今为止发生的所有事件的真相。听到那个人物的名字，托尼·斯塔克惊愕不已。在背后操纵一切的人物……而且也是黄道十二宫本身的最后敌人的野心，为了阻止它，钢铁侠挑战决战。