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Tony Stark se rend au Japon pour superviser la construction d'une nouvelle centrale électrique à arc et dévoiler la nouvelle version de série de la combinaison Iron Man - Iron Man Dio.

Une cargaison de plutonium est volée, conduisant Tony à être accusé de contrebande de matières nucléaires au Japon et d'avoir à faire une déclaration devant la Diète du Japon. Afin de s'éloigner de la presse, Tony fait du stop avec un journaliste qu'il avait déjà rencontré, Nanami Ōta.

D'étranges tornades apparaissent à Tokyo, ciblant et tuant deux professeurs. Lorsqu'une autre tornade attaque une base militaire, Iron Man y pénètre et trouve la cause, un autre guerrier du zodiaque qui le bat facilement. Pendant ce temps, Nanami assiste à une réunion avec Chika Tanaka.

Tony se souvient qu'il y a cinq ans, il a été attaqué et capturé par des terroristes, ayant subi des blessures mettant sa vie en danger. Acceptant de fabriquer des armes pour le terroriste, il a été sauvé par un camarade prisonnier Ho Yinsen qui a installé sa plaque de poitrine magnétique pour le maintenir en vie et l'a aidé à réaliser les décès causés par sa fabrication d'armes. Cela a conduit à la création du mini réacteur à arc et, par la suite, d'Iron Man, mais Yinsen s'est sacrifié pour donner à Tony une chance de s'échapper.

Une épidémie dans laquelle les fluides corporels des gens deviennent bleus se propage à travers Tokyo, et le JSDF soupçonne que la station Arc en est la cause et met Tony sous surveillance. Il est approché par Sakurai qui l'informe qu'un satellite a été repris par un guerrier du zodiaque, ce qui provoque le rayonnement. Pendant ce temps, Nanami tombe également malade des radiations.

Alors que Tony tente d'en savoir plus sur la localisation de Yinsen, le laboratoire n ° 23 est attaqué par un virus qui rend les robots nettoyeurs furieux et réduit considérablement la température dans le complexe. Tony et Chika tentent d'éliminer le virus avec un pare-feu.

Alors qu'ils s'interrogent sur la nouvelle armure mystérieuse, Tony et Chika sont kidnappés. Nanami aperçoit la voiture de Tony et tente de la suivre, mais ils sont arrêtés par un Zodiac. Tony et Chika se réveillent pour se retrouver sur une île éloignée, et le réacteur à arc de Tony est manquant.

En rentrant à son appartement, Tony manque de renverser une petite fille, Aki, qui, lui révèle-elle, s'est échappé de ZODIAC. Cette petite possède un pouvoir de télékinésie. Le ZODIAC veut s'en servir pour contrôler un robot géant auquel la fillette est raccordée. Heureusement, Iron Man est là pour mettre un terme à ces projets.

Yinsen se souvient quand il a été sauvé de la fusillade des terroristes par une femme nommée Sandra. Pendant ce temps, Tony a presque terminé avec son réacteur à arc, mais Yinsen appréhende l'envoi de plutonium nécessaire pour le compléter à l'aide du blindage Dio.

Yinsen force Chika à travailler sur le réacteur à arc, avant de réclamer la dissolution des forces armées et de la Diète nationale. Nanami tente d'échapper à la situation d'otage mais est attrapé et jeté dans une salle de stockage. Tony est sauvé par Sakurai et essaie de contacter Chika.

Bien que la situation d'otage soit close, Tony est soupçonné d'avoir des liens avec Zodiac et est arrêté par la JSDF. Sakurai l'emmène brièvement chez lui, où il lui apprend à contrôler son ego. Pendant ce temps, Chika est en quelque sorte contrôlée pour surcharger la station Arc.

Kuroda proclame un coup d'État et déclare la loi martiale sur le Japon. Pendant ce temps, Chika admet à Tony qu'elle a eu des pannes de courant et qu'elle a été contrôlée pour modifier le réacteur à arc, voulant se suicider pour avoir causé la souffrance de Tony. Juste à ce moment-là, Kuroda les approche dans son armure Retetsu et prend le contrôle de Chika.