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世界平和への第一歩としてアークステーション建設のため来日したトニー・スターク。日本国民に向けての記念セレモニーの場で新型機、アイアンマンディオの発表を行う。セレモニーは無事終わるが、新型機ディオが整備中に突如原因不明の暴走を起こし飛び去ってしまう。アイアンマンスーツを装着し追跡するスタークだったが、目の前に"スコーピオ"と名乗るゾディアックの戦士が現れる・・。

輸送中の核が何者かによって強奪されるという事件に絡み、アークステーションの起動に核が必要なことから自身に核持ち込み疑惑がかけられていることを黒田防衛大臣から聞かされてしまうトニー・スターク。自らの濡れ衣を晴らすために奮闘するスタークは疑いを晴らすことができるのか!?

各地で巨大なトルネードが発生するという事件で、過去に田中知佳と共に気象に関する研究を進めていた坂本教授を尋ねる太田七海。取材を進めていく内にあるプロジェクトの名を口にする坂本。街を容赦なく破壊していく超ド級のトルネード!果敢に突入していくアイアンマン!

かつて死の商人として呼ばれ軍需産業のトップの座に君臨した男、トニー・スターク。彼は死の商人のイメージを払拭すべく、チャリティイベントと称し、モータースポーツへの参入を計画する。そのテストドライバーはレーサーとしての再起を絶望視されていたはずの川島という男だった。

トニー・スタークは田中知佳からアークステーション付近で謎の感染症が発生しているという知らせを受ける。感染はとどまることを知らず猛威を振るい、原因解明の為調査を始めるトニー・スターク。同じ頃、自衛隊の偵察衛星が原因不明のトラブルを起こし、桜井長門がアイアンマンの協力を要請しにやって来る。

アークステーションのメインプログラムそのものが乗っ取られるという事態が発生し、システムはトニー・スターク達の命令を無視し暴走を始める。そして、ステーション内モニターに映し出される不気味な魚のオブジェクト。スタークは正体不明の敵によるさらなるハッキングを防ぐため、予想外の策に打って出る。

降りしきる雨の中、トニー・スタークの元にずぶ濡れの田中知佳が訪れる。出迎えるスタークは突如何者かによって眠らされ...意識を取り戻すとそこは廃棄物の投棄された絶海の孤島だった。アイアンマンスーツの無い絶望的な状況で共に誘拐された田中知佳と決死の脱出を試みるトニー・スターク。

トニー・スタークは不思議な力を持つ少女と出逢う。少女の名は亜紀。自らをゾディアックだと名乗る亜紀の言葉に耳を疑うトニー・スターク。亜紀はアイアンマンとしての強い力を持つトニー・スタークにゾディアックから我が身を守ってほしいというが...。

アークステーションを起動するためのプルトニウムをインセンに奪われてしまったトニー・スターク。アイアンマンスーツを装着しディオに戦いを挑む!そこで明かされるインセンの過去...数奇な運命で再会した二人の男達...そして、2体のアイアンマンによる死闘が始まりを告げた!

アイアンマン、死す。インセンの口から驚くべき事実を聞かされる田中知佳。インセンの要求に驚愕する日本政府。トニー・スタークの生存を信じ、占拠されたアークステーションからの脱出を試みる七海。そして、インセンの野望を打ち砕く為にアイアンマンとして翔び立つ傷だらけのトニー・スターク。

トニー・スタークはアークステーションで起きた今回の事件の責任を問われ、その身柄を政府によって拘束されてしまう...。護送される中、最悪の事態は起こった。国会議事堂が爆撃され、さらにはトニー・スタークの開放を促すテロリストの発言によりトニー・スタークがゾディアックと内通しているのでは、という疑惑まで...

トニー・スタークはこれまで起こった全ての事件の真相を桜井長門から聞かされる。その人物の名前を聞き驚愕するトニー・スターク。裏で全てを操っていた人物...そしてゾディアックそのものでもある最後の敵の野望を食い止める為、決戦を挑むアイアンマン。