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Justo después de su victoria, cuando quería descansar, Yugi y sus amigos son visitados por Mokuba, quien se ofrece a llevarlos a casa, con la condición de que Yugi, Joey y Rebeca participen en el nuevo torneo Kaiba.

Yugi se enfrenta a la computadora central de la Cúpula Kaiba y gana el Duelo. Finalmente, Seto Kaiba aparece para explicar la situación. En la reunión que organiza Kaiba aparece Zigfried Lloyd y el acontecimiento empieza.

Los primeros en pelear son Joey y el Duelista Enmascarado, y Leon contra el doctor Richard Goat, pero Yugi y sus amigos notan que el Duelista Enmascarado es, en realidad, el abuelo de Yugi.

El abuelo domina por completo a Joey e Invoca un "Dragón Ancestral" que sólo él tiene. Joey cree que está acabado pero recuerda que es un juego y hay que divertirse, por lo que, con confianza, saca una serie de cartas que le dan la victoria.

El Duelo aleatorio entre Rebecca y Vivian comienza con una clara ventaja de Rebecca sobre Vivian, a pesar de que casi pierde dos veces. En otro Duelo, Rex y Weavil pelean contra un tipo vestido de rosa, y pierden en el primer turno, a pesar de usar sus cartas más fuertes.

La siguiente ronda de Duelos empieza y Joey tiene que enfrentar a Zigfried Lloyd. Mientras el Duelo se desarrolla, Zigfried introduce un virus en el sistema de Kaiba. Seto sospecha inicialmente de Rebecca pero tras recordar sucesos del pasado se acuerda de que Zigfried ya hizo lo mismo con el sistema de Gozaburo Kaiba. El Duelo continúa favorable para Joey hasta que Zigfried logra activar su Mágica "Cabalgata de las Valkirias" y está a punto de ganar.

Joey activa una Mágica para no perder y sobrevive al ataque de Zigfried. Por otro lado, Kaiba logra eliminar el virus del sistema y arreglar los errores técnicos. Zigfried activa Mágicas para desterrar todos los monstruos de Joey y finalmente Invoca a una "Valkiria" para darle el poder de esos monstruos y ganar el duelo.

El abuelo de Yugi desaparece del hospital y todos van a buscarlo alrededor de Kaiba Land. Mientras tanto, las semifinales empiezan. En el primer Duelo pelean Zigfried Lloyd y Balfry Ginger y en el segundo Duelo pelean Leon Wilson y Rebecca Hawkins. El Duelo de Leon y Rebecca empieza y Leon usa personajes de cuentos de hadas en el Campo y empieza ganando. Mientras tanto, Yugi llega a un lugar donde supone que está su abuelo.

Yugi descubre que su abuelo fue curado por Vivian y ella lo desafía a un Duelo. En un comienzo, Yugi no acepta pero cuando Vivian lastima al abuelo no le queda otra alternativa. El Duelo de Leon y Rebecca se mantiene con la misma intensidad hasta que Rebecca logra Invocar a su "Dragón Cabeza de Diamante" que le puede dar el triunfo. Mientras tanto, Yugi revierte el Duelo contra Vivian al Fusionar a "Mago Oscuro" y a "Buster Blader" para Invocar a "Paladín Oscuro" para atacarla y ganar. Leon por otra parte logra derrotar a Rebecca tras un largo Duelo.

El Duelo final entre Leon y Zigfried empieza pero Kaiba llega inesperadamente y lo evita con la intención de descalificar a Zigfried por utilizar un nombre falso ya que en realidad se llama ‘‘von Schroeder’’ y no ‘‘Lloyd’’. Un Duelo entre Kaiba y Zigfried empieza y si Zigfried gana se queda en el torneo pero si pierde se va. Zigfried actica su carta "Cabalgata de las Valkirias" desde un comienzo pero Kaiba logra deshacerse de ella. Aun así, no puede vencerlo del todo.

Zigfried utiliza la misma estrategia que usó con Joey, Invocando a sus tres diosas mágicas, pero Kaiba logra Invocar a su "Dragón Blanco de Ojos Azules", lo que lo pone en ventaja. Pero Zigfried encuentra la manera de destruirlo, activa una Mágica y ambos deben predecir cuántas Mágicas usarán por turno o perderán el Duelo, pero Kaiba logra hacerlo y tras eso Invoca a varios de sus dragones y lo derrota.

El Duelo por el campeonato entre Yugi y Leon está a punto de empezar. Cuando Leon estaba llegando, Zigfried aparece entregándole una carta. Enseguida, el ánimo de Leon cambia drásticamente y todos descubren que él en realidad es Leon von Schroeder, el hermano menor de Zigfried.

El Duelo se desarrolla bastante parejo. Yugi Invoca a "Chica Maga Oscura" y Leon se emociona mucho al poder verla. Leon logra sacar la carta que Zigfried le dio, ‘‘Castillo Dorado de Stromberg’’, pero Kaiba dice que esa carta está prohibida. Leon empieza a dudar sobre las órdenes de Zigfried y empieza tratando de destruir a esa carta pero no lo logra porque es demasiado poderosa y Zigfried le ordena seguir con el Duelo; el secreto de la carta es un poderoso virus que ha infectado a las computadoras de Kaiba Corp. y además elimina todos los datos del Duelo de Monstruos. Leon se siente decepcionado y se niega a obedecer a Zigfried, por lo que está a punto de renunciar pero Yugi interviene y le pide que continúe.

Mientras el Duelo continúa, el virus sigue expandiéndose. Yugi trata de destruir el "Castillo Dorado de Stromberg" pero es invencible y cada vez se queda sin cartas. Leon se siente muy mal por haber activado esa carta pero Zigfried le ordena continuar. Yugi logra destruir esa carta y Kaiba eliminar el virus. Finalmente, Yugi logra Invocar a "Mago Oscuro" para vencer a Leon y quedarse con el título de campeón mundial.

El espíritu del Anillo Milenario persigue a Bakura y le obliga a conseguir el poder del faraón. El abuelo le cuenta a Yugi cómo consiguió el Puzlle Milenario. Rex y Weevil van a la casa de Yugi y roban su maleta con las cartas de Dioses Egipcios, el Cetro, el Collar y el Anillo Milenarios, pero Bakura aparece y se lleva el Anillo. En ese momento llega Yugi, pero Bakura los envía al Reino de las Sombras.

Tras encontrar a Yugi, Bakura aparece en Kaiba Corp. para desafiar a Seto Kaiba en un Juego de Sombras y lo logra tras atrapar el alma de Mokuba en el Reino de las Sombras; Bakura domina el juego mientras Kaiba tiene visiones de su pasado. De pronto, Bakura decide terminar el Duelo y marcharse pero le exige a Kaiba que vaya a Egipto y le entrega el Ojo Milenario. Yugi es alcanzado por Joey, Téa y Tristán en el aeropuerto y juntos viajan a Egipto.

Yugi y sus amigos llegan a Egipto y se encuentran con Marik, Ishizu y Odion, quienes les dicen que serán sus guías, inmediatamente parten a su destino. Cuando llegan Marik le dice que debe ir solo. El faraón levanta las cartas de los dioses ante la piedra para liberar su mente, pero cuando lo hace el espíritu maligno de Bakura también se libera. Yami llega al Antiguo Egipto y es proclamado faraón. Al mismo tiempo, Bakura recupera su memoria. Yugi buscaba la forma de ayudar a Yami cuando Shadi aparece y le dice que debe encontrar la puerta del Puzzle Milenario para ayudarlo. Yami iba a ser atacado por un intruso, pero la corte del faraón lo detecta con el poder de los Objetos Milenarios. Así mismo, Bakura se acerca cada vez más.

Bakura entra en el palacio del faraón y cuando iba a ser juzgado por los Objetos Milenarios muestra su oscuridad. Yugi y sus amigos logran entrar en el Puzzle Milenario para buscar a Yami Yugi. Bakura inicia una pelea de monstruos y se enfrenta con Seto y los otros guardianes, pero parece invencible hasta que Yami Yugi lo enfrenta y llama a "Obelisco el Atormentador" para atacar, pero Bakura contraataca con el poder del "Dragón Blanco de Ojos Azules".

Bakura está a punto de ser vencido y decide irse. Yami Yugi les pregunta a todos sobre la pirámide en el cielo, pero nadie puede verla. El Ojo Milenario le hace tener otra a visión a Kaiba y decide ir a Egipto. Mahad le promete al faraón que usará su magia para sellar la tumba de su predecesor, pero se dirige a liberar todo su poder que estaba ocultado. Bakura lo encuentra y Mahad propone un Duelo.

Mahad y Bakura empiezan con la pelea y a medida que Esta avanza Mahad pierde sus poderes por haberlos transferido a sus monstruos. Yugi encuentra a Bakura dentro del Puzzle Milenario, pero se transforma en un monstruo oscuro y los ataca. Shadi les dice que Bakura es el verdadero enemigo del faraón. Mahad sigue peleando y utiliza su poder para unirse con el "Mago de las Ilusiones" y derrotar a Bakura. Su alma queda sellada en una piedra; Yugi puede sentir cuando esto sucede y junto con sus amigos logran escuchar la voz del faraón.

Isis explica que cuando Mahad se unió con su monstruo se creó otro con mayor poder y es conocido como el "Mago Oscuro". Yugi, Joey Tea y Tristán consiguieron entrar al reino del faraón y se sorprenden al ver a Kaiba. deciden seguirlo y llegan al palacio. Bakura consigue entrar al palacio sin ser descubierto gracias al poder del Anillo Milenario y ataca a Aknadin.

Bakura escapa del palacio. mientras el faraón lo persigue, llama a "Slifer el Dragón del Cielo". Yugi y sus amigos los ven y van tras su ayuda. Bakura averigua los secretos de Aknadin y descubre que él fue quien a través del Libro de Conjuros Milenario construyó los Objetos Milenarios. Aknadin oculta el secreto de que Seto es su hijo. Aknadin también oculta al faraón el secreto de los Objetos Milenarios y ataca la aldea de Kul Elna. Con la esencia de las almas de los habitantes construye los Objetos, que son designados a cada guardián. El faraón y Bakura peleaban, pero Bakura estaba a punto de vencer. Entonces, Seto aparece y salva al faraón.

Aknadin debilita a "Slifer" y Bakura lo derrota, por lo que le que el faraón se debilita mucho. Repentinamente, Yugi aparece y el faraòn se recupera; entonces Invoca a "El Dragón Alado de Ra" y lo transforma para derrotar al "Diabound" de Bakura; el tiempo empieza a retroceder y Bakura destruye de nuevo a "Slifer", luego le quita el Puzzle Milenario. Aknadin organiza batallas entre los prisioneros y se lleva a Kisara y la obliga a pelear.

Kisara libera a "Dragón Blanco de Ojos Azules" derrotando a todos y Aknadin planea quitárselo, pero Seto no acepta. Bakura ofrece los Objetos que posee a la piedra sagrada, buscando reunir los siete para liberar a Zorc y este le pide que encuentre la octava llave. Yugi y sus amigos continúan con la búsqueda y se encuentran a Mana. El faraón es advertido por un hombre llamado Hassan que Zorc pronto despertará. Yugi finalmente lo encuentra.

Kaiba llega a Egipto y se encuentra con Marik, Ishizu y Odion; ellos le dicen que le ayudarán a encontrar a Bakura si él los ayuda a salvar al faraón. El faraón se dirige a Kul Elna para enfrentar a Bakura, donde es atacado por los espíritus de la aldea. Repentinamente aparece Mahad y desafía a Bakura. La pelea empieza y Bakura Invoca a "Diabound", pero Mahad demuestra su poder. Bakura está a punto de ser derrotado pero absorbe el poder de los espíritus y su "Diabound" se vuelve mucho más fuerte y ataca a Mahad. Justo en ese momento Mana Invoca a "Chica Maga Oscura" y lo salva.

"Mago Oscuro" y "Chica Maga Oscura" atacan al "Diabound" de Bakura pero no logran hacerle ningún daño. Bakura está a punto de vencer al faraón pero los guardianes intervienen y lo salvan. Los guardianes atacan a Bakura, pero está protegido por los espíritus de la aldea. Shada encuentra la lápida de "Diabound" y cuando iba a destruirla Aknadin lo golpea por detrás y lo evita. Karim utiliza la Balanza Milenaria para Fusionar sus monstruos con los de Seto pero Bakura logra quitarle el Objeto. Bakura quire apoderarse del espíritu del faraón pero su padre Aknamkanon aparece y encierra a los espíritus debilitando a "Diabound". Es entonces cuando Mahad ataca y lo derrota.

Yugi y sus amigos se dirigen a buscar el nombre del faraón en el palacio. Tristán es manipulado por Bakura. Aknadin les quita los Objetos a todos para poder revivir a Zorc. Yami Yugi despierta en medio de un Juego de las Sombras con Bakura en el cual el campo es el Antiguo Egipto. Bakura usa sus relojes de arena para controlar el tiempo. Aknadin se transforma en el Mago de las Tinieblas. Bakura utiliza de nuevo los relojes de arena para revivir a Zorc. Aknadin les dice que Seto debe ser el nuevo rey y cuando iba a atacar al faraón pero Hassan lo protege y desvía la oscuridad. Bakura dice que si el indicador de vida en el Disco de Duelo se termina, todos pierden sus almas en el Reino de las Sombras.

Kaiba entra al lugar de la piedra y ve lo que sucede con el Ojo Milenario. Aknadin le dice a Seto que él debe gobernar con el poder del "Dragón Blanco de Ojos Azules". Kisara siente el poder maligno y corre a salvar a Seto. Bobasa lleva a Yugi y a sus amigos al Valle de los Reyes y Tristán busca el nombre del faraón para destruirlo. Bakura vuelve a manipular el juego y utiliza a Kaiba, con lo que puede regresar al juego.

Aknadin se lleva a Seto y Bakura los Objetos Milenarios. Kisara se encuentra a Kaiba y le dice que debe prevenir a Seto de la oscuridad que ataca al mundo. Bakura separa a los guardianes haciendo tiempo hasta que aparezca Zorc. Karim le entrega su energía a Shada y pierde su alma. Yugi y sus amigos entran a la tumba del faraón y descubren una habitación secreta.

Seto despierta y Aknadin le dice que debe tomar el poder de Kisara. Seto se dispone a huir con Kisara pero Aknadin lo evita. Entonces, ella libera al "Dragón Blanco de Ojos Azules", pero Aknadin lo atrapa en una lápida. Seguidamente controla a Seto y cuando el faraón llega lo reta a un Duelo y empieza Invocando al "Dragón Blanco de Ojos Azules". El faraón Invoca al "Mago Oscuro", pero no logra derrotarlo. Kisara utiliza el poder del "Dragón" para derrotar a Aknadin y liberar a Seto. Kaiba aparece y el faraón le dice que se vaya, pero no acepta. Yugi logra entrar hasta el lugar donde está el nombre del faraón, pero repentinamente Bakura aparece. En el juego, el tiempo se termina y Zorc está a punto de resucitar. Bakura reta a Yugi a un último Duelo.

Bakura logra revivir a Zorc y está a punto de ganar el Juego de Sombras. Hassan se dispone a defender a los guardianes pero es derrotado por Zorc. El Duelo entre Yugi y Bakura empieza. Así mismo, el juego que controla el destino del mundo empieza a cambiar. Bakura libera el ataque de Zorc destruyendo el mundo.

Zorc parece invencible, así que Isis y Mana van a buscar los Objetos Milenarios al desierto, los cuales encuentran poco después. Bakura y Yugi mantienen un Duelo. Isis decide pelear contra Zorc, Shimon toma el poder de la Llave Milenaria e Invoca a "Exodia el Prohibido", pero por más fuerte que es, Zorc lo derrota; finalmente, Mana le entrega el Puzzle Milenio al faraón y decide pelear.

Yugi y Bakura continúan con su Duelo y Bakura obtiene la ventaja cuando logra destruir todas las cartas de Yugi. El faraón logra Invocar a los tres Dioses Egipcios para pelear contra Zorc, pero no lo logran y son vencidos. Yugi encuentra la manera de vencer a Bakura en el Duelo.

Tras la derrota de los Dioses Egipcios, el faraón se queda sin energía, así que Seto decide pelear con Zorc. Invoca al "Dragón Blanco de Ojos Azules" pero no logra hacerle nada y las sombras empiezan a consumirlo poco a poco; Kaiba llega y reta a Zorc. Para ello Invoca al "Dragón de Ojos Azules Definitivo". Yugi utiliza su última que es "Gandora, el Dragón de la Destrucción" y vence la estrategia de Bakura y con "Espadachín Silencioso" termina con sus LP. El faraón ayuda a Kaiba y utiliza el poder de la Balanza Milenaria para Fusionar al "Dragón de Ojos Azules Definitivo" y al "Soldado del Brillo Negro" para crear al "Caballero Amo del Dragón", pero ni así vencen a Zorc; Shadi decide utilizar el poder de Hassan para protegerlo. Yugi va a ayudarlo.

Yugi y sus amigos llegan a ayudar al faraón, Yugi Invoca a Mahad como el "Mago Oscuro" y Mana a la "Chica Maga Oscura" pero son vencidos; Yugi, Téa, Joey y Tristán se concentran para lograr recordar el nombre del faraón y cuando Zorc se disponía a atacarlos Kaiba aparece y los salva. El faraón revela que su nombre es Atem y logra invocar la luz de "Slifer", "Obelisk" y "Ra"; cuando combina su poder logra vencer a Zorc. Atem decide que Seto debe ser el nuevo rey y le entrega el Puzlle Milenario antes de marcharse en compañía de Yugi, Joey, Téa, Tristán y Kaiba.

Yugi y todos vuelven al presente. Bakura aparece pero se dan cuenta de que ya no está poseído por el espíritu malvado del Anillo Milenario; Yugi recoge los Objetos Milenarios y al salir se encuentra a Marik, Ishizu y Odion, quienes le dicen que lo llevarán hasta la lápida sagrada donde deben reposar los Objetos para poder entrar al mundo de los espíritus. Marik dice que el faraón debe perder en un Duelo. Joey quiere vencerlo y Kaiba lo quiere retar en un Duelo final pero Yugi dice que él peleará. Pasa la noche Yugi y Atem preparan sus cartas para el Duelo.

El Duelo entre Atem y Yugi empieza. Yugi muestra grandiosas habilidades pero Atem se muestra muy superior en todas sus estrategias a pesar de que Yugi usa cartas que Atem jamás ha visto. El Duelo está a punto de terminar cuando Atem Invoca a los tres Dioses Egipcios.

Yugi busca una estrategia para vencer a los Dioses Egipcios y empieza a recordar momentos en los cuales enfrentó dificultades con Atem. Tras eso, empieza a pensar como él y planea una estrategia con la cual asegura que puede destruir a los Dioses Egipcios y vencer a Atem.

El Duelo continúa y ambos uszan sus cartas más conocidas. Yugi Invoca a "Maldición de Dragón" y a "Cráneo Convocado", mientras Atem Invoca a "Gaia el Caballero Feroz"; Yugi obtiene la ventaja pero esto cambia cuando Atem Invoca al monstruo favorito de ambos, "Mago Oscuro".

El Duelo se mantiene intenso y Yugi logra resistir a los ataques de "Mago Oscuro", que esta vez parece invencible pero logra encontrar una estrategia para vencerlo; luego activa una Mágica llamada "Cofre de Oro Sellado" y oculta una Mágica, si Atem activa la misma Mágica, el efecto se anulará. Atem domina el Duelo y consigue Invocar a "Chica Maga Oscura". El duelo parece terminar pero Yugi logra vencerlos con su "Mago Silencioso". Atem activa "Monstruo Renacido" y revive a "Slifer el Dragón del Cielo", pero Yugi dice que esa carta es la que el ocultó y gana el Duelo. Atem tiene que irse y tras ello el lugar se destruye y los Objetos Milenarios quedan sellados. Es así como la historia de Atem termina y de la Yugi comienza.