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游戏他们突然发现没有返回日本的旅费了，于是答应圭平参加了海马集团举办的KC杯大赛。圭平带着大伙到海马乐园参观，当他们进入决斗会场时，因某人的黑客行为而被混在了决斗会场。

暗游戏使用极度不平衡的由大量龙族通常怪兽组成的卡组，以最高等级的电脑为对手而陷入苦战；这时游戏抽到了“凡人的意志”。

KC杯A组第一场比赛，城之内的对手是面具人洛克，这位洛克的真实身份其实是游戏的爷爷——城之内的师傅——武藤双六。决斗中城之内使出擅长的骰子战术，但被双六破解了···

决斗：城之内VS面具人·洛克（武藤双六）。城之内因对方的永续陷阱卡“旅人的试练”而无法攻击，这时面具人洛克趁机召唤出了梦幻的王牌怪兽“古代龙”。

KC杯B组的比赛，作为全美冠军的少女蕾贝卡·霍普金，她的对手是亚洲霸者的美女决斗者薇薇安·王。另一方面，羽蛾和龙崎乱入大会，他们的对手是华丽的决斗者奇古·罗伊德。

KC杯前8强名单出炉了，城之内接着的对手是战胜了羽蛾&龙崎的奇古·罗伊德，二人的决斗在火山地区进行。这时圭平来告诉游戏他们，有黑客混进了决斗者当中。

决斗：城之内VS奇古·罗伊德。城之内的“人造人索加”被破坏掉并承受4只“女战神”怪兽的直接攻击，但因魔法卡的作用而残余一点基本分。这时奇古·罗伊德使出了“三女神”卡片，不断抹杀城之内卡组中的怪兽和干扰城之内的抽卡。

蕾贝卡成功进入四强，她下一轮的对手是雷恩·哈尔特。二人的决斗在小人国进行。另一方面，游戏等人得知双六失踪了，为了寻找双六而没法去给蕾贝卡打气。

决斗：蕾贝卡VS雷恩。薇薇安以双六为要挟，要和游戏进行决斗。另一方面，蕾贝卡和雷恩的决斗也进入尾声。

KC大奖赛最后决赛雷恩·哈尔特对战奇古·罗伊德。这时海马乱入，道出奇古的黑客行为，宣布取消奇古的参赛资格。奇古不服，海马要求和他进行决斗。

决斗：海马濑人VS奇古·罗伊德。奇古使出了“三女神”卡片对付海马，反而帮助了海马堆墓和解决卡手问题，让海马更快地召唤出“青眼白龙”。这时奇古说出了自己憎恨海马的理由。

因为奇古被剥夺参赛权，雷恩·哈尔特成为了KC杯冠军，获得了和武藤游戏对战的权力。然而这个雷恩其实是奇古的弟弟，背负了家族命运，誓要打败武藤游戏。

雷恩使用了奇古给他的禁卡“修特姆·贝洛克的黄金城”，使得海马公司的电脑被病毒感染。

游戏巧妙地利用无法维持COST而自爆的特性把“修特姆·贝洛克的黄金城”破坏掉了，然而游戏的卡组还剩1张卡。

游戏的爷爷双六给游戏讲述自己在埃及地下古墓通过黑暗的死亡游戏而获得千年积木的故事（1960年）。

暗貘良帮助游戏截下了盗走神之卡和千年神器的羽蛾和龙崎，自行取走了千年轮。为了在即将的终究黑暗游戏中胜出，暗貘良出现在海马濑人面前，二人开始了黑暗决斗。

游戏他们来到了埃及。当游戏把3张神之卡举向石板时，暗游戏进入了记忆世界开始了记忆之旅。当他醒来时，发现自己是年轻的法老王，身边是7位神官。

盗贼王貘良盗取了上代法老王的陵墓并拖着棺材来到了年轻法老王的王国，7位神官们召唤出了各自的魔兽和貘良开始了对决！另一方面，游戏和他的朋友们进入千年积木的迷宫，为了寻找暗游戏的真实之门。

七位神官被貘良打得体无完肤，法老王召唤出神与貘良对打也只是平手。神官之一马哈德决斗解放自己的魔力独自对抗貘良。

马哈德把貘良引诱到自己修炼魔法的地宫，二人开始了一番决斗！

游戏他们通过的迷宫来到了法老王的记忆世界，在这里谁也看不见他们。另一方面，神官塞特到处搜索拥有强力魔兽的人，遇到了拥有白龙的女性琪莎拉。

神官阿克纳帝回忆起自己当年制造七神器而牺牲百姓的温馨故事。另一方面，法老王骑着白马、驾驭着天空龙追缉着盗贼王貘良。

“奥西里斯的天空龙”被盗贼王貘良的“迪尔邦杜”打败了，元气大伤的法老王看见了游戏等人虎重新振作起来，召唤出了“太阳神之翼神龙”击倒貘良。这时，突然时间倒流···

阿克纳帝把白龙女琪莎拉和死犯关在一起，让他们厮杀试图引出青眼白龙，塞特乱入。另一方面，跌入谷底的法老王梦见了父亲。

得知了盗贼王貘良的所在地后，法老王马上前往，那里便是因制造七神器而死去的人们的村落。

法老王召唤出的黑魔术师、玛娜召唤出的黑魔术少女一起对砍盗贼王貘良，众神官也加入战斗誓要把貘良刨皮。另一方面，游戏等人开始寻找法老王的真实之名

在地下神殿杀死了盗贼王貘良的众人突然变得不能行动，阿克纳帝把七神器收集起来放入石板试图找出大邪神，然后阿克纳帝化身成黑暗大神官。记忆世界的一切其实是暗游戏和暗貘良进行的一场究极的黑暗PRG。

黑暗大神官把亲儿子塞特带走了。另一方面，游戏等人来到了法老王的陵墓。

盗贼王貘良满血复活啦，把法老王和神官们分散，召唤出魔神侍候他们。

阿克纳帝要求塞特杀死琪莎拉以获得白龙的力量，塞特拒绝；然而琪莎拉为保护塞特特而被黑暗大神官杀死。法老王赶到时，遇到的是被黑暗大神官附身的赛特。

在王墓里，游戏和貘良的决斗开始了。游戏使用“棉花糖”防御貘良的攻击，使用“沉默剑士”向貘良发起攻击。另一方面，大邪神佐克终于复活了，向众神官袭来。

游戏和貘良的决斗持续着，貘良发动了“诅咒的双子人偶”取消自身墓地的存在，使得死去的怪兽以浮灵形态出现在场上。另一方面，神官VS佐克的战斗中，西蒙召唤出了艾克佐迪亚对抗佐克。

游戏和貘良的决斗持续着，貘良发动了永续魔法“死札相杀”破坏游戏的卡组，终于游戏的卡组只剩下一张卡。另一方面，取回千年积木的法老王召唤出三幻神对抗佐克。

游戏和貘良决斗中，游戏进行最后抽卡，召唤出了“破坏龙甘多拉”破坏了貘良场上的所有卡，“沉默剑士”的攻击一击击倒了貘良。另一方面，佐克轻易地把法老王的三幻神全灭；这时海马赖人出现，召唤出“青眼究极龙”与佐克抗衡。

究极的黑暗RPG进行最后时刻了，游戏等人赶来支援法老王，并向法老王传达了他的真实之名——阿图姆。阿图姆使出最后的力量使三幻神复活并合体成“光之创造神”！

阿图姆和游戏他们回到了现实世界的埃及，集齐了7件千年神器。为了打开冥界之门送阿图姆回地狱，必须继续决斗的仪式。城之内和海马都想要和阿图姆决斗，然而游戏决斗阿图姆的对手是自己。

来到冥界的神殿，将七神器放入石板，此时阿图姆和游戏分成2个人，然而二人的命运的决斗开始了。游戏召唤出了三色齿轮和攻击力3000的陷阱怪兽“机动城堡垒 ”。

阿图姆召唤出了“欧贝利斯克的巨神兵”击倒了游戏的“机动城堡垒”，紧接着有召唤出“奥西里斯的天空龙”和“太阳神之翼神龙”。游戏召唤出“沉默剑士”和“磁石战士电磁武神”与之对抗。

游戏用陷阱卡“磁力（マグネット·フォース）”把“奥西里斯的天空龙”的召雷弹效果反弹，一回合内把阿图姆的三幻神全灭。然后阿图姆召唤“有翼幻兽奇美拉”“暗黑魔族基尔法恶魔”“疾风的暗黑骑士盖亚”、游戏召唤出“破龙剑士”“恶魔召唤”“诅咒之龙”进行一番拉锯战。

阿图姆终于召唤出最强的仆人“黑魔术师”。游戏使用“封印之黄金柜”把一张未知卡封印；在阿图姆发起攻击时使用“魔法师的法阵”把“沉默魔术师”召唤出来，并用“天降的宝札”强化“沉默魔术师”从而击倒阿图姆的“黑魔术师”，这时，阿图姆使用“死者苏生”意图复活“奥西里斯之天空龙”。