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日本へ帰る旅費がないことに気づいた遊戯たちは、旅費の提供を条件に、海馬コーポレーションが主催するデュエル・トーナメント大会に出場する。海馬ランドに行くと、新アトラクションのデュエルマシンがあった。

コンピューターと戦う遊戯は、バランスの悪いドラゴン系のデッキで最上級レベルのコンピューターに苦戦する。敵はサイコショッカーなどの上級モンスターや、複雑なコンボや特殊効果を使い、遊戯のLPは200に下がる。

アメリカ海馬ランドのスタジアムで、KCグランプリの開会式が行われる。グランプリの出場者は16名で、遊戯はディフェンディングチャンピオンとして、その勝者と戦うのだ。開会式の後、すぐに第1回戦が始まった。

城之内は、対戦相手のマスク男に戦略を見透かされて劣勢となる。マスク男はフィールド魔法「古の都」を発動し、「古の扉」「古の巨人」「古の書物」を揃え、黄金の竜「エンシェントドラゴン」を召喚した。

各ブロックの第2試合。全米チャンプの少女・レベッカはアジアの覇者で美女のヴィヴィアンと対戦。遊戯に色目を使うヴィヴィアンにレベッカは怒り、ヴィヴィアンはカンフー娘娘などのアジアンデッキで攻撃するが…。

ベスト8が出揃う。城之内の次の相手は、羽蛾＆竜崎コンビを瞬殺した冷徹なジークだ。自信家で見下すように無視するジークの態度に対戦前から熱くなる城之内。火山のアトラクションでジークとのデュエルに挑む。

魔法カード「ワルキューレンリット」を発動し、4体の戦乙女を召喚するジーク。ワルキューレに倒されたモンスターはゲームから除外されるだけでなく、その攻撃力で反撃される。城之内は絶体絶命の危機に瀕するが…。

グランプリの準決勝。ミニチュアランドを舞台に、レベッカ対レオンの決闘が始まる。レベッカは墓地に送られることで効果を発揮するコンボ作戦を考えていたが、レオンはそれを阻止し、レベッカのLPを奪う。

レベッカはレオンのシンデレラコンボによるダイレクトアタックを何とか阻止するが、グローバーマン＝攻2600の攻撃を受けてLPは100になり、無垢な少年風のレオンが想像以上に強いことを実感する。

KCグランプリの決勝はレオン対ジークで行われる予定だったが、海馬はジークが海馬コーポレーションに対して嫌がらせをしたことを理由に、彼を失格にした。そして、海馬対ジークの因縁の決闘が始まる。

海馬は場のモンスターの動きを封じられ、デッキのモンスターも墓地送りになり、さらにダイレクトアタックを受けた。運命を司る三姉妹のコンボでブルーアイズも墓地に送られ、海馬は懸命にジークに応戦するが…。

KCグランプリの優勝者・レオンと、ディフェンディングチャンピオンの遊戯とのラストデュエルが開始。遊戯に憧れ、対戦を夢見ていた無邪気なレオンだったが、デュエルでは新たなカードを使って遊戯を当惑させる。

遊戯対レオンの決闘が続く。レオンは遊戯を尊敬しつつも、実兄・ジークのため、シュレイダー家復興のために戦っていた。遊戯は、童話系モンスターを連鎖的に次々と召喚するレオンのコンボに押されてしまう。

「シュトロームベルクの金の城」に不正な細工したジークの狙いは、ウイルスで海馬コーポレーションのシステムを破壊することだった。金の城に苦戦する遊戯は維持コストも支払うため、ターン毎にデッキが半減する。

遊戯は双六から、数十年前にエジプトの王家の谷の王墓で千年パズルを手に入れた時の話を聞く。王墓に入った若き日の双六は、いくつもの危険なトラップをくぐり抜けて奥に進んだが、裏切りに遭いピンチに陥った。

遊戯は待ち構えていた闇人格のバクラから、冥界の扉を開けばもう1人の遊戯の魂を返すことができると知らされる。一方、海馬のもとにもバクラが現れて闇のゲームを仕掛け、海馬対バクラの決闘が幕を開けた。

もう1人の遊戯はエジプトのピラミッドで石版に3枚の神のカードをかざし、記憶の世界へと旅立ち、意識を取り戻すと古代エジプトの王＝ファラオになっていた。彼の周りには、海馬や双六に似た6人の神官がいた。

遊戯ファラオの前に盗賊バクラが現れ、千年アイテムを奪おうとする。神官たちがバクラのディアバウンドを石版に封印しようとするも失敗。神官たちは、古代デュエルディスクを使って神殿より精霊＝カーを召喚する。

ファラオ対バクラの戦いは、ブルーアイズホワイトドラゴンの攻撃技をコピーしたディアバウンドの反撃により、引き分けとなる。バクラはかつて海馬と戦った時に技をコピーしていた。いったんは引き返すバクラだが…。

修練場で、マハードの幻想の魔術師とバクラのディアバウンドがぶつかりあう。マハードはもう1体のカー「シャドウ・グール」を召喚させて援撃するが、逆にディバウンドに壁抜けの能力を盗まれてしまう。

心の迷宮にいる遊戯たちは、ファラオの記憶の世界である古代エジプトにたどり着いた。この世界では遊戯たちは存在しないため他人からは見えず、物に触ることもできない。そして、同じような境遇のボバサに出会った。

その昔、古代エジプトでは神官・アクナディンがクル・エルナ村の人間を生贄にし、闇の錬金術によって7つの千年アイテムを誕生させ、息子・セトとの関係も断ち切った。そして15年後、ある事態が勃発する。

ファラオ対バクラの戦いが続く。デュオスを従えたセトら神官たちがファラオに加勢するが、アクナディンの呪いの力でオシリスは消滅する。ファラオはまたも危機に陥るが、遊戯たちの友情の力が奇跡を起こす。

アクナディンは地下闘技場でキサラからカーを抽出しようとし、囚人たちのカーがキサラを襲うも彼女は抵抗しない。セトはキサラに興味を抱いて中止しようとし、囚人の怒りを買って襲われるが、事態は一変する。

ファラオと再会し、束の間の休息を取る遊戯たち。神官・シャダが駆けつけ、ファラオとマナと共にバクラを追ってクル・エルナ村へ向かう。かつて、アクナディンが千年アイテムを生み出すために生贄にした村だ。

ファラオはブラックマジシャン、ブラックマジシャンガールと共にバクラのディアバウンドと戦い、光の護封剣や岩石の巨兵などを使って対抗する。そこへ神官団も加勢に現れ、ディバウンドを攻め始める。

地下神殿の戦いでバクラは敗れ去り、砂となって消えていく。しかし同時に時が止まり、ファラオたちは身動きできなくなる。やがてもう1人の遊戯は、ジオラマのゲーム盤と対面して座るバクラの前で目覚める。

闇の大神官の攻撃に、ハサンが登場してファラオたちを守る。ハサンは歴代ファラオの化身なのだ。セトは自分にも王家の血が流れていることを知り、白き龍の力を得てファラオになるよう闇の大神官に誘惑されて戸惑う。

盗賊王バクラとディアバウンドが復活してファラオたちの前に現れ、アクナディンとセトは異空間に消えた。ディアバウンドに攻撃されるファラオたち。神官・カリムとアイシスは、迫り来るカーを相手に悪戦苦闘する。

アクナディンに、キサラを殺して白き龍の力を得て王になるよう説かれるセト。それを拒否したセトを守ってキサラが命を落とした。ファラオがそこへ駆けつけた時、セトはアクナディンに心を操られる。

王墓で始まった遊戯対獏良。初めて闇遊戯のために戦う遊戯は、新しいデッキからマシュマロン、サイレントソードマンなどを召喚。だが、獏良はデスカリバー・ナイト、死霊ゾーマなどで優位に立った。

遊戯は数値があまり高くないモンスターで戦うが、特殊効果で大きなダメージをかわしている。だが獏良は、「呪いの双子人形」で自分の墓地を消滅させ、死んだモンスターたちを浮遊霊のように不気味に彷徨わせる。　

遊戯対獏良のデュエルは続く。獏良は永続魔法「死札相殺」で、場と除外されたモンスターの数だけデッキのカードを墓地送りにして、遊戯のデッキを破壊。ついに遊戯のデッキは残り1枚になってしまう。

獏良に対し、遊戯はラストドローで「破壊竜ガンドラ」を召喚。ガンドラは全てのモンスターを破壊するという強力な特殊魔法を持つ。優しい遊戯がこれほど凶暴なカードを選ぶのには、何か理由があると思われるが…。

記憶のエジプト世界でゾークと戦うファラオ。駆けつけた遊戯や城之内らが、ブラックマジシャンなどのモンスターを召喚してファラオを助ける。遊戯たちはファラオに真実の名を伝えようとするが、古代文字が読めない。

アテム＝ファラオと遊戯たちは現実世界のエジプトに到着。積年の邪念が宿った7つの千年アイテムを、アテムは自らと共に封印しようと考える。だが、そのためには誰かがアテムにデュエルで勝たなければならない。

冥界の神殿でアテムが7つの千年アイテムを石版に納めると、アテムと遊戯の2人が分離して現れる。遊戯対アテムの、それぞれの運命を決めるデュエルが始まり、序盤から互いに手加減なしの激戦を見せる。

アテムは3幻神獣を場に揃えた。その攻撃力の合計は1万を超える。劣勢に立たされる遊戯だったが、オシリスの召雷弾を速攻魔法「ミラージュ・マジック」でかわし、さらに自分のライフも回復させる。

遊戯のわな「マグネット・フォース」の反撃により、アテムの3幻神獣は消える。強い力を持つ者の最大の弱点は、その力そのものだと遊戯は言う。神が消え、キマイラら中級モンスターを使った素早い応酬が始まる。

アテムのブラックマジシャンの攻撃をかわすのに精一杯の遊戯は、「封印の黄金櫃」に1枚のカードを忍ばせた。それは同じカードを無効にするものだ。遊戯はサイレントマジシャンで、ついにブラックマジシャンを破る。