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Alors que Yugi et ses amis pensaient enfin pouvoir prendre un repos bien mérité, Makuba vient leur annoncer que son frère organise un nouveau tournoi : le Tournoi Ultime !

Toujours prisonniers du Kaiba-Dôme, Yugi se retrouve confronté à l'ordinateur de duel qui a été piraté.

Le Tournoi Ultime est sur le point de commencer. Makuba, qui tient la place du maître de cérémonies, s'apprête à donner le coup d'envoi des premiers duels.

Le duel entre Joey et le mystérieux homme masqué continue. Joey semble bel et bien avoir trouvé son maître.

Rebecca se retrouve confronté à Vivian Wong, une ex-star du cinéma et championne d'arts martiaux. La valeur n'attend pas le nombre des années.

La deuxième partie du tournoi est sur le point de commencer, et Joey s'apprête à affronter Zigfried. De son côté, Kaiba cherche à démasquer le pirate informatique.

Le duel entre Joey et Zigfried continue. Cependant, cette fois, Joey semble être tombé sur plus fort que lui.

Les demi-finales vont commencer. Zigfried affronte Balfry Ginger quant à Rébecca, elle se retrouve face à Léo Wilson. Le duel des deux juniors du Tournoi Ultime promet d'être intense.

Viviane provoque Yugi en duel. S'il gagne, elle soignera le dos de son grand-père. Si jamais il venait à perdre, Yugi serait obligé de lui accorder le rendez-vous qu'elle réclame.

Seto Kaiba découvre la véritable identité de Zigfried Lloyd et veut le disqualifier. Il accepte néanmoins le défi que celui-ci vient de lui lancer.

Kaiba doit à tout prix remporter le duel qui l'oppose à Zigfried Lloyd s'il ne veut pas perdre la face devant le monde entier.

Le jeune Léo Wilson s'apprête à affronter Yugi au cours de la finale du tournoi ultime, mais une surprenante révélation vient tout bouleverser.

Léo affronte Yugi, mais refuse de gagner en trichant. Il désobéit donc à son frère Zigfried qui fait tout pour anéantir la Kaiba Corps.

Yugi affronte Léo en duel et doit trouver un moyen de se débarrasser d'une carte que Zigfried a modifiée pour la rendre invincible. La tâche s'avère difficile.

Le grand-père de Yugi lui raconte comment il a découvert le puzzle millénium dans sa jeunesse. Il lui parle de ses aventures dans la Vallée des Rois en Egypte et des pièges qu'il a déjoués dans le Tombeau du Pharaon sans nom.

Bakura provoque Kaiba en duel. Il tient à tout prix à ce que ce dernier se remémore sa vie passée.

Yugi et ses amis débarquent au Caire où ils retrouvent Marek et Shizu. Pour Yami, c'est l'occasion de revenir sur son passé.

Yami Yugi a remonté le temps, il se retrouve à l'époque où il régnait sur l'Égypte. Cependant, Bakura a lui aussi trouvé le moyen de revenir à l'époque où tout a commencé.

Les gardiens du Pharaon sont partis à la recherche de Bakura qui s'est enfui après le combat. Yugi et ses amis quant à eux, sont enfermés dans le Puzzle du Millenium et recherchent le Pharaon.

Mahad affronte Bakura dans la grotte où il avait emprisonné sa véritable puissance. Le duel est serré ! Le Pharaon et ses gardiens tentent de leur venir aide.

Yugi et ses amis réussissent à pénétrer dans le monde des souvenirs du Pharaon. Pendant ce temps-là, Seto met en oeuvre son plan controversé pour protéger le Pharaon et le peuple Egyptien contre Bakura.

Aknadin se remémore les évènements dramatiques qui se sont déroulés à Kul Elna. Il les a provoqués pour sauver l'Egypte de ses ennemis. Bakura veut se venger de la destruction de son village et il s'en prend à présent à Aknadin.

Le Pharaon est parti à la poursuite de Bakura pour l'empêcher de s'emparer de nouveaux objets du Millénium.

Yugi et ses amis sont à la recherche du Pharaon et c'est au bord du Nil qu'ils font la connaissance d'une jeune magicienne.

Le duel fait rage entre Kaiba et Leichter. Ce dernier semble avoir pris l'avantage, mais Kaiba n'a pas encore dit son dernier mot.

Avec l'aide des esprits maléfiques de Kul Elna, Bakura veut anéantir le Pharaon afin d'assouvir sa vengeance.

Yugi et ses amis cherchent le nom du Pharaon à l'intérieur du palais. Pendant ce temps-là, Bakura et le Pharaon s'affrontent dans un Jeu des Ombres qui se déroule sur plusieurs niveaux.

Kaiba est à son tour projeté dans l'Egypte ancienne. Il a été appelé par Bakura, mais quel sort lui réserve-t-il ?

Bakura semble prêt à tout pour éliminer les Gardiens sacrés du Pharaon. Pendant ce temps, Zorc l'Obscur se prépare à faire son entrée.

Alors que Yugi et ses amis sont toujours à la recherche du nom du pharaon, Seto est aux prises avec Aknadin et doit décider du camp qu'il va choisir.

Le puissant Zorc l'Obscur est aux portes de l'Egypte. Le Pharaon et ses gardiens sacrés parviendront-ils à arrêter sa folie destructrice ?

Le duel opposant Bakura à Yugi continue. Ce dernier sera-t-il assez fort pour vaincre son adversaire et révéler au Pharaon son véritable nom avant qu'il ne soit trop tard ?

Zorc s'apprête à détruire l'Egypte et à changer le cours de l'histoire, mais le Pharaon compte bien l'en empêcher grâce aux Dieux Egyptiens.

Après que Zorc a vaincu les Dieux Egyptiens, tout espoir semble perdu. C'est alors que Seto décide d'intervenir.

Alors que tout espoir d'anéantir Zorc semble perdu, Yugi arrivera-t-il à temps pour révéler au Pharaon son véritable nom et sortir l'Egypte de ce terrible cauchemar ?

Alors qu'ils se rendent au tombeau du Pharaon, Yugi et ses amis doivent décider qui affrontera Atem dans un ultime duel.

Le Pharaon et ses amis se rendent au Temple de la Pierre du Millenium. C'est là qu'aura lieu le duel ultime qui déterminera si le Pharaon pourra ou non repartir dans le monde des esprits.

Plus que jamais, Yugi est déterminé à battre le pharaon pour que celui-ci puisse trouver la paix. Comment battre les dieux égyptiens ? Est-ce seulement possible ?

Même après avoir vaincu les trois dieux Egyptiens, la victoire de Yugi n'est pas encore assurée.

Le duel touche à sa fin mais il est encore impossible de savoir qui va l'emporter !