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La antigua tripulación de la U.S.S. Protostar y ahora oficiales de la Flota Estelar en entrenamiento - Dal, Rok-Tak, Zero, Jankom Pog, y Murf - se reúnen para realizar unas prácticas bajo el mando de la Almirante Janeway. Pronto conocen a El Doctor, un querido amigo de Janeway, que los escolta hasta la nueva nave de la almirante. La Flota Estelar ha pedido a Janeway que observe un nuevo agujero de gusano para determinar si supone una amenaza - el mismo agujero de gusano que crearon cuando autodestruyeron el Protostar.

Gwyn se encuentra con un enemigo conocido en el planeta Solum. Janeway revela a Dal y sus amigos lo que está en juego en su misión.

Viajando a través de la grieta temporal, Dal y la tripulación buscan a Chakotay en Solum. Con el apoyo de su padre, Gwyn desafía a Ascencia.

Aunque separadas por décadas, las tripulaciones de la Infinity y la Voyager se unen para salvar la vida de Gwyn. Un misterioso mensajero se dirige a Gwyn.

Reunidos en la Voyager y bajo estricta supervisión, la pandilla debe descifrar un mensaje secreto que su misterioso benefactor dejó a Murf.

Con la esperanza de secuestrar la Infinity antes de su destrucción programada, Dal y la tripulación crean dobles holográficos para cubrir su ausencia.

Tras utilizar un conducto Borg para viajar más rápido en el tiempo, Dal y sus amigos se encuentran a merced de un exigente kazon.

La tripulación se desvía hacia una colonia de entidades no corpóreas, que ofrecen a Zero la oportunidad de obtener un cuerpo físico. Janeway descubre las verdaderas intenciones de Dal.

Al llegar por fin a las coordenadas, la tripulación de Infinity descubre un planeta oculto y la identidad tan esperada de su misterioso mensajero.

Huyendo de sus perseguidores, la tripulación de Infinity y su nuevo aliado buscan una salida. El Voyager se embarca en una misión de rescate.

Gracias a la oportuna intervención de Wesley Crusher, los cadetes encuentran el Protostar, pero el guardián de la nave no está muy dispuesto a recibir su ayuda.

Chakotay y los cadetes conciben un plan audaz pero peligroso para relanzar el Protostar. Sin embargo, antes de que la nave pueda volar, primero tendrá que navegar.

Mientras recolectan bosonita en un mundo estéril, la tripulación se topa con tribbles agresivos modificados genéticamente y con el científico klingon que los creó.

La reunión del Protostar con la Voyager tiene efectos secundarios inesperados, haciendo rebotar a la tripulación entre realidades alternativas, incluyendo el universo espejo.

Justo cuando las tripulaciones del Protostar y la Voyager dan por concluida su misión, un antiguo enemigo resurge de repente con nuevos y sorprendentes poderes.

Abrumados por el armamento misteriosamente avanzado de Asencia, las tripulaciones del Protostar y del Voyager asumen una serie de riesgos calculados que ponen en peligro a los cadetes.

Ante la inminente guerra entre la Federación y Solum, Gwyn propone dirigir a los cadetes en una misión encubierta para reunir información y rescatar a Ilthuran.

La almirante Janeway idea un ingenioso plan para liberar a su tripulación de la prisión de Asencia, donde están atrapados con un furioso cautivo del Telar.

Un desesperado Asencia lanza un ataque total contra la Federación que destruirá el subespacio, mientras Wesley y los cadetes intentan corregir la línea temporal.

Los cadetes luchan contra Asencia en una batalla por el control de Solum y el futuro, pero la repentina invasión de una especie destructiva complica su objetivo final.