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Quelques mois après la défaite de Death Phantom et du maléfique Black Crystal, Usagi, Ami, Rei, Makoto, Minako et Chibiusa profitent de leur vie. Cependant, de nouveaux ennemis apparaissent, sortis de nulle part, attaquant les humains, en absorbant les âmes des victimes humaines dans le but de survivre sur Terre. Les six sailors pourront-elles arrêter ces nouveaux ennemis ?

Maintenant que le nouvel et mystérieux ennemi est apparu, les Sailors doivent trouver un moyen d'infiltrer la Mugen Academy. Tout en battant un nouveau monstre, du nom de Diamon, Sailor Moon et Sailor Chibi Moon se lient d'amitié avec une étrange fille possédant des pouvoirs inhabituels. Quelle connexion pourrait-elle avoir avec le nouvel ennemi ?

Usagi et les filles discutent des deux nouvelles guerrières qui sont apparues, il se pourrait qu'elles soient des Sailor Guardians. Luna et Artemis demandent aux filles d'être prudente, tant qu'ils ne savent pas si c'est deux guerrières sont de leur côté ou de celui de leurs ennemis.

Alors que les Sailor Guardians viennent de vaincre Eudial, les deux mystérieuses Sailor se sont encore échapées. Encore suspicieuses à propos de la Mugen Academy, les filles décident de vérifier encore une fois les lieux pendant le récital de Michiru, qui se déroule au sein de l'université.

Les Sailor Guardians apprennent que Haruka et Michiru sont Sailor Uranus et Sailor Neptune. Cependant,les nouvelles Sailor ne semblent pas intéressées pour travailler avec les autres Sailor Guardians.

Les Sailor Guardians doivent stopper une plante appelée Tellu, qui volent les hôtes des humains. En attendant, une nouvelle étudiant, nommée Setsuna Meioh, mène son enquête dans le Sankakusu Delta, mais elle devient la victime de la plante Tellu.

Sailor Uranus, Neptune et Pluton apparaissent devant Sailor Moon et les autres Sailor pour révéler leur véritable mission. Apprenant les enjeux, Sailor Moon et les autres proposent leur aide mais sont rejetées par Uranus, provoquant de nouvelles tensions.

Cyprine et Ptilol ont lancé un sort aux Sailor Guardians qui les amène à se retourner les unes contre les autres. La bataille continue de s'intensifier, quand soudain les trois Talismans réagissent au fort désir de Sailor Moon d'arrêter ce combat.

Hotaru se transforme et prend également le cristal d'argent légendaire de Chibi-Usa ainsi que son âme. Pour sauver la vie de Chibi-Usa, les Sailor Guardians doivent se rendre à Mugenzu afin de pouvoir récupérer son âme volée et le cristal d'argent.

Les Sailor Guardians se frayent un chemin pour trouver Hotaru, qui est en possession du cristal d'argent de Chibi-Usa. Ils parviennent à vaincre Kaolinite mais doivent désormais affronter le Professeur Tomoe et ses monstres Daimon.

Alors que le professeur Tomoe et Kaorinite ont été détruits, c'est aux huit Sailor Guardians d'affronter directement Mistress 9 et de l'éradiquer une fois pour toutes. Alors que la "vaisseauisation" complète de Pharaon 90 se rapproche, la conscience de Hotaru est déterminée à faire tout ce qu'elle peut pour sauver Chibi-Usa et empêcher Mistress 9 d'utiliser son corps à des fins maléfiques.

Super Sailor Moon et tous les autres continuent de se battre avec leurs souvenirs de Hotaru dans leur cœur. Toutes les tentatives pour anéantir Pharaon 90 ont échouées et le monde semble perdu, jusqu'à ce que le réveil et le retour d'une certaine personne vienne changer la situation... pour le meilleur ou pour le pire.

Maintenant que Sailor Saturn s'est réveillée, elle a déclenché son attaque la plus puissante et la plus destructrice à ce jour et a fait tomber son Silence Glaive, mettant ainsi fin à Pharaon 90 et au monde entier lui-même. Mais tout n’est pas encore perdu.