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カントー地方にある全寮制の学校・セキエイ学園に入学した、パルデア地方出身の少女・リコ。初めてのポケモン・ニャオハをもらい喜ぶリコだったが、ニャオハは全然言うことを聞いてくれない…。ニャオハとの絆を深めようと奮闘するリコ。一方、リコが持つ「不思議なペンダント」を求め、彼女を探す怪しげな人物たちが現れて─！？

不思議なペンダントを狙う一団・エクスプローラーズに追われるリコ。空からリザードンと共に現れたフリードに助けられるが、彼のことも信用できない…。連れられたその先で待っていたのは、フリードの仲間「ライジングボルテッカーズ」と、彼らが乗る飛行船「ブレイブアサギ号」だった─！！

エクスプローラーズに連れ去られてしまったニャオハ。リコはニャオハを取り返すことを決意、フリードたちも協力してくれることになる。エクスプローラーズの隠れ家を突き止めたリコとフリードだったが、そこにはアメジオが待ち構えていた…！リコはニャオハを取り戻すことができるのか！？

故障によってカントー地方の離島に不時着することになったライジングボルテッカーズの飛行船。すると、船のポケモン・ホゲータがいつの間にかいなくなってしまっていた。ホゲータを捜すため、島に上陸するリコとニャオハ。一方、離島に住む少年・ロイは、島では見たことがない謎のポケモンを目撃して…！？

もう一度、ホゲータに会いたい―。そんな思いを胸に、ライジングボルテッカーズの飛行船にやって来たロイ。しかし不運が重なり、なかなかホゲータと会うことができない。迫る出航の時。ふたりは再会することができるのか…？そんな中、アメジオ率いるエクスプローラーズの潜水艦が飛行船に迫ってきていて―！？

リコとペンダントを狙うエクスプローラーズが島に上陸、ライジングボルテッカーズの前に立ちはだかる。リコとロイは協力し、ニャオハ、ホゲータのコンビネーションで善戦するものの、隙をついたアメジオとアーマーガアが迫り来る。その時、再び輝くリコのペンダント！そしてロイが持つ「いにしえのモンスターボール」にも異変が…！？

空の旅を続けるライジングボルテッカーズ。リコとロイは、ポケモンバトルで強くなるため、キャプテンピカチュウの特訓を受けることに…！圧倒的な実力を持つキャップを前に、全く歯が立たないニャオハとホゲータ。しかし、キャップとの特訓を通じて、リコはあることに気が付いて―！？

ライジングボルテッカーズの飛行船では、蓄えた食材が尽きかけていた。誰かがつまみ食いでもしているのか…！？仕方なく、食材補給のために手分けして買い出しをすることになったメンバーたち。一方、留守番係になったリコは、テキパキと洗濯や掃除の任務を完了。ロイから聞いた「とっておきの秘密」を覗いてみることに…！

リコの家があるパルデア地方に到着したライジングボルテッカーズ。リコは、フリード、ロイと共に家に向かい、父・アレックスの出迎えを受ける。久々の我が家でくつろごうとしたリコだったが、図らずも「これからはずっと家にいて欲しい」というアレックスの本音を聞いてしまう。始まったばかりのリコの冒険は、ここで終わってしまうのか…！？

リコの父・アレックスの導きで、ボウルタウンのジムリーダー・コルサに会いにきたリコとロイ。ふたりはボウルタウンで、チャンピオンランクのトレーナー・ネモと出会う！ネモと一緒に、コルサの元を訪ねるリコとロイだったが、現在ジムは閉鎖中…！？コルサの身に一体何が…。

コルサが黒いレックウザと遭遇したという森へ向かうリコとロイ。モリーも興味を持ち、同行することに。道中、3人は山火事の無残な痕跡を目にするが、目指す辺りはなんとか焼けずに残っていた。レックウザの捜索を始めるリコたちだったが、やがて3人バラバラになってしまう。そんな中、森に住むというオリーヴァにも動きがあり…！？

あらためて山火事の惨状を目の当たりにしたリコとロイ。リコは、そこで暮らしていた野生のポケモンたちのために、森を復活させようと思い立つ。ライジングボルテッカーズの仲間たちの力も借り、きのみを埋め、土を耕し、と奮闘するリコたち。その懸命な姿を見ていたオリーヴァに、ある異変が起こる！さらに、リコのペンダントが再び輝き出して…！？

リコの祖母がいるガラル地方へ、いざ出発―！…と思いきや、飛行船の制御システムにトラブルが発生してしまう。システムが復旧するまでの間、ピクニックをすることにしたライジングボルテッカーズ。仲間とサンドウィッチづくりを楽しむリコだったが、飛行船に残ったドットのことが気にかかり…。

ピクニックの途中で出会った変わったカイデンのことが気になり、再び会いに行くことにしたロイとホゲータ。なぜか群れから離れて1匹で過ごしているそのカイデンには、何やら事情がある様で…！？一方、フリードは飛行船近くに不審なポケモンがいるのを見つける。逃げるポケモンを追いかけた先で待ち構えていたものとは…！？

リコが買い物に出たまま行方不明に！ドットがネットで集めた目撃情報を元に、ボウルタウンを捜索するライジングボルテッカーズだったが、いくら探しても見つからない…。見えない敵の存在を感じ、緊張が走る一同。捜索を急ぐべく、切り札としてドットが連絡をしたのは…ハッコウシティのジムリーダーにして、人気動画配信者のナンジャモだった！？

何者かに奪われてしまったリコのペンダント。犯人はまだ近くにいると推理したライジングボルテッカーズは奪還作戦を開始する。ペンダントを探すリコたちだったが、突然、いにしえの冒険者・ルシアスがともに旅した六英雄と呼ばれるポケモンの一体であるオリーヴァが入った「いにしえのモンスターボール」が輝きだす。光に導かれ向かった先には…！？

ケンカしてばかりのカイデンとホゲータ。なかなか打ち解けない２匹に頭を悩ますロイは、キャプテンピカチュウを相手に協力してバトルをすることで絆を深めようと思いつく。しかし、バトルでも２匹の息は合わず、またまたケンカになる始末…。そんな中、空を往く飛行船・ブレイブアサギ号の前方に乱気流が発生して…！？

キャップが空を飛んだ―？バトル中に空を飛んでいる様に見えたキャプテンピカチュウ。その秘密を知るため、フリードを直撃するリコとロイだが、テキトーにはぐらかされてしまう。オリオや仲間たちの助けもあり、観念して語り出すフリード。それは、フリードとキャップの出会い。そして、ライジングボルテッカーズの結成にまつわる秘話だった…。

ガラル地方に到着した一行。リコの祖母・ダイアナがいるという古城には、目立つ飛行船を置いて陸路で向かうことになるが、電車が運休中のためエンジンシティで自由時間を過ごすことに。マードックと共にバトルカフェに向かったリコとロイは、そこで彼のかつてのパティシエ仲間・ミッチェルと出会う。しかし2人には何やら因縁があるようで…！？

エンジンスタジアムのジムリーダー・カブと出会ったリコとロイ。ホウエン地方出身のカブなら、同じくホウエン地方の伝説のポケモンであるレックウザのことを何か知っているかもしれないと話をしてみたところ、リコとロイの想いに心動かされ、トレーニングをしてくれることに。人生 死ぬまで修行 学びつづけよう！カブの炎の修行が、今、始まる―！！

カブから得た情報を元に、黒いレックウザを探しにガラルこうざんへと向かうリコとロイたちは、道中で気を失って倒れているミブリムを見つける。モリーの診断では、元気がないのは「心の問題」らしい。常に周囲の生き物の気持ちをキャッチしてしまうが故に、傷ついてしまうミブリム。放っておけないリコは、自分で面倒を見ることにするのだが…！？

黒いレックウザを探すため、再びガラルこうざんにやってきたライジングボルテッカーズ。探索中、フリードとはぐれてしまったリコとロイだったが、謎の鳴き声を聞き、奥へと進むことにする。そこには、なぜか気力が尽き、元気を失った人やポケモンたちの姿が！一方その頃、エクスプローラーズのアメジオたちもレックウザを追って鉱山にやってきていて…！？

ガラルこうざんにいたのは黒いレックウザではなく、ルシアスと旅した六英雄ポケモンの証、いにしえのモンスターボールを持つガラルファイヤーだった！激しい怒りに燃え、他者を寄せつけないガラルファイヤーに何とか近づきたいリコたち。バトルに勝つだけがトレーナーの道とは限らない―そんなジムリーダー・カブの言葉をヒントに立てた作戦とは！？

リコのペンダントは、不思議なポケモンへと姿を変えた。その正体を求め、リコの祖母・ダイアナの元へと向かったリコたちは、隠された古城で、ついに彼女との再会を果たす。ルシアスの冒険譚、そして不思議なポケモン「テラパゴス」について語るダイアナ。一方その頃、リコたちを追っていたエクスプローラーズのアメジオたちが古城に接近していて…。

テラパゴスを奪いに現れたエクスプローラーズのアメジオたち。古城を舞台に、激しいバトルが始まる！数々のバトルを繰り広げてきたフリードとアメジオ。今度の勝負の行方は？そして、数々の冒険を通じて成長してきたリコとロイは、ジルとコニアを退けることができるのか？さらにエクスプローラーズのハンベル、サンゴ、オニキスも参戦してきて―！？

リコの祖母・ダイアナも飛行船に同乗することになり、ライジングボルテッカーズは今日も空を往く。長い年月眠っていたテラパゴスにとって、飛行船は見たことのないものばかり。勝手にあちこちを冒険するテラパゴスに振り回されて、てんやわんやのリコ。一方、ニャオハはテラパゴスばかりに構うリコが面白くない様子で…。

ドットが入手した黒いレックウザの目撃情報から、ガラル地方・ワイルドエリアにやってきたライジングボルテッカーズ。しかし、その情報は嘘の情報だった…。悔しがるドットに、リコは一緒にカレーを作ろうと提案し、ワイルドエリアで休憩することに。その頃、エクスプローラーズ本部では、幹部が一堂に会していた…。

ダイアナの知り合い・テペンの骨董品店を訪れるリコ、ロイ、フリード。いにしえのモンスターボールについて、何か情報を得られるかもと期待したが、尋ねても何も知らないと言う…。船に戻ろうとするリコたちだったが、ロイのいにしえのモンスターボールがなくなっていた！盗んだのはまさか…！？

テペンの情報を元に、ガラル地方にあるモンスターボール工場へ向かったリコ、ロイ、フリード、オリオ。工場を営んでいたのは珍しいボールに興味があるという、モンスターボール職人のカーナ！職人同士、意気投合したオリオとカーナだったが、カーナからとある提案があり…！？

今日もバトルの特訓！…と思いきや、ホゲータが「ズル～っ」と足を滑らせた！？その原因は、バトルフィールドにこぼれていた謎の紫色の液体…。ロイは、ホゲータと紫色の液体の正体を調べることにする。一方、リコも「ガチャン」という謎の音を耳にして…！？ブレイブアサギ号にいったい何が起きているのか？

白い霧の歌声―。それは、霧で迷った船を歌で導き助けるという不思議なポケモンの噂話。その正体が、光り輝くラプラスであるとの情報を得たライジングボルテッカーズは、噂の海域に向かう。六英雄のラプラスに会えるかもしれない…！期待に胸を膨らませるリコとロイだったが、着水し海上を進むブレイブアサギ号は、突然霧に包まれて…。

フリードの作戦によって、白い霧の中からとうとう姿を現したラプラス。テラパゴスと共鳴し光り輝くその姿は、やはりルシアスの六英雄なのだろうか…？しかし、ラプラスと仲間のポケモンたちは、ブレイブアサギ号に攻撃を仕掛けてくる！ライジングボルテッカーズとラプラスたちの海上戦、スタート―！？

六英雄のラプラスに想いが伝わり一件落着…と思いきや、突如上空に現れたのは、ライジングボルテッカーズが追い求めていた黒いレックウザだった！バトルしようと息巻くロイだったが、エクスプローラーズのアメジオが乱入してくる！攻撃され怒るレックウザを前に、ピンチのリコたち…。その時、テラパゴスの体が輝きだし―！？

リコの祖母・ダイアナがブレイブアサギ号を下船することに。リコとロイは、ダイアナのお別れパーティーのため、仲間やポケモンと密かに準備を始める！一方、黒いレックウザとのバトルで自身の力不足を痛感したアメジオは、さらなる高みを目指して、ハンベルにとあるお願いをするが…。

ついに活動資金が底を尽きてしまったライジングボルテッカーズ…。資金調達のため、フリードとキャップは迷子のポケモンアノクサの捜索依頼を受けることに！授業で「理想の絆」を発表することになったリコも、フリードとキャップの観察をするべく、ロイと一緒にアノクサ捜索を手伝うことにするが…！？

タッグバトル大会があるのに、パートナーのパフュートンが誰ともタッグを組みたがらず、元気がなくて困っている―。とあるリスナーから、ぐるみんのライブ配信に相談が届いた。お悩み解決をぐるみんに依頼されたのは、リコとロイ、そしてクワッス！話を聞いたところ、どうやら、そのパフュートンは恋をしているようで…！？

フリードの知り合いの考古学者から「遺跡発掘現場の岩を動かしてほしい」と依頼を受けたライジングボルテッカーズは、発掘現場へ向かうことに！しかし、なかなか作業を始められない…。凶暴なワルビアルとワルビルが作業の邪魔をしているらしいのだ。リコ・ロイ・フリードは、真相を確かめるため遺跡内の調査に行くが…！？

嵐のあと一時停泊中のブレイブアサギ号では、モリーがポケモンたちの健康診断をしていた。リコがミブリムの診察に行くと、ミブリムが何者かの気配を察知…！なんと船内に1匹のワッカネズミが迷い込んでいた！通常2匹で行動するはずのワッカネズミが1匹でいるのはおかしい…。もしかして、緊急事態発生―！？

工業製品が有名な街・テツロンタウンに買い出しに行ったリコ・ロイ・ドット。途中、ドットはリコとロイとはぐれてしまう。渋々単独行動をしていたところ、鉄くずをたたいてハンマーを作るというポケモン・カヌチャンに遭遇！カヌチャンはドットが買ったある物が気になるようで…！？

リコとニャオハはロイ、ホゲータと一緒にバトルの練習！…だったのだが、ニャオハがリコを怪我させてしまうアクシデントが…。「ニャオハのせいじゃないよ」と励ますリコだったが、ニャオハは何か思うところがあるようで…。ブレイブアサギ号を飛び出したニャオハが向かった場所は生まれ育ったブリーダーの家…！？

ブレイブアサギ号にドットの母・ブランカがやってきた！ブランカは「お試し期間」として乗船していたドットを迎えに来たようで…。引き止めたいリコとロイは、ドットの本当の気持ちを確認するため、話を聞くことに。知られざるドットのライジングボルテッカーズ参入秘話が今、明かされる…！

パルデア地方の海辺にやってきたライジングボルテッカーズ。海のポケモンたちとの一時を楽しむリコとロイだったが、ホゲータが海に流され大ピンチ…！そんな窮地を救ったのは海のヒーロー・イルカマン だった！かっこいいイルカマンに興奮するロイ。一方、「誰も見たことがない」というイルカマンの変身シーンを撮影しようと目論む人物がいて…？

行列に並ばなければ手に入らない、1日30箱限定の銘菓「海のディグダまん」。リコとロイは、店長を助けたお礼として「海のディグダまん」を並ばず手に入れる。一方、エクスプローラーズのある人物も「海のディグダまん」を求め店に並んでいた…。ブレイブアサギ号に戻る途中、ロイはホゲータの背中に果たし状が貼られていることに気がついて…！？

サンゴが言い残した「レックウザを呼び寄せる」という言葉…フリードは、手がかりを元にエクスプローラーズのアジトがある島を突き止める。島に向かったリコ、ロイ、フリード、ランドウだったが、そこで待ち受けていたのはスピネルの罠だった―！エクスプローラーズのレックウザ捕獲計画を、リコたちは止めることができるのか…！？

エクスプローラーズの作戦により、ついに姿を現した黒いレックウザ！その強大な力を前に、圧倒されるリコとロイ。けれど、テラパゴスの、そして自分たちの想いを伝えるなら、今しかない─。ポケモンと冒険に出たあの日から、たくさんの出会い、経験をしてきたふたり…。その全てをぶつけるレックウザとのバトルが今、始まる─！！

テラスタルを習得するため、オレンジアカデミーで「テラスタル研修」を受けることになったリコ、ロイ、ドット！学校にはクラベル校長や理事長のオモダカ、パルデア四天王のチリ、ポピー、アオキ、ハッサクがいて…。テラスタルデビューを目指す3人の、パルデア地方を舞台にした冒険が幕を開ける！

リコのテラスタル研修・基礎テストのため、リコ、ロイ、ドットの3人はセルクルタウンのジムリーダー・カエデの元へ！無事、カエデのいる「パティスリー ムクロジ」に着いたのだが、エクスプローラーズのサンゴも乱入してきて、なぜかスイーツ作り対決に！？リコとニャローテのテラスタル研修の行方は…？

ロイのテラスタル研修・基礎テストの対戦相手は、コルサ！早くバトルしたいと意気込むロイだったが、ボウルタウンでは芸術祭が開かれており、準備で忙しいコルサに研修を後回しにされてしまう。そこに偶然通りかかったネモに誘われ、バトルをすることになったロイ。2人のバトルを見たコルサは、ロイの戦い方に思うことがあるようで…？

リコ、ロイに続き、最後に基礎テストを受けることになったドットは、担当ジムリーダーのナンジャモから、基礎テストを「ドンナモンジャTV」で生配信することを告げられる。撮影のリハーサルでロイとバトルをするドットだったが、カメラに緊張するあまり、クワッスとうまく連携がとれなくなって…！？

いよいよナンジャモとの基礎テストに臨むことになったドットとクワッス！事前にナンジャモのバトルを研究し、作戦を立てて対策はばっちり…かと思いきや、タイプ相性の悪いハラバリーに苦戦してしまう。さらには予定外のハプニングも発生して…？ドットは無事、合格することができるのか！？

レポートの題材を探すため、野生ポケモンの観察や情報集めをするリコ、ロイ、ドット。リコは、ドットから「花ばしら」という不思議な現象を聞く。『「花ばしら」を見た者は 幸せになれる』と噂されているらしい…！レポートを書くため、ニャローテと一緒に「花ばしら」を探すことにしたリコ。しかし、ニャローテはなぜかご機嫌ナナメで…！？

レポート作成のため、野生ポケモンの観察を続けるリコ、ロイ、ドット。カイデンは強風が吹くと上手く飛べない自分に苛立ち、ホゲータとも喧嘩をしてしまう…。夜、こっそりとテントを抜け出し、飛ぶ練習をするカイデン。カイデンがいないことに気づいたロイとホゲータはカイデンを探すが、そこにある影が忍び寄り…？

ロイが謎の人物から聞いた「この世ならざるもの」を探すため、森を訪れたリコたち。恐る恐る進んでいく先で出会ったのはリコ、ロイ、ドットにそっくりな3人組！？そのトレーナーたちもどうやら「この世ならざるもの」に遭遇したようで…。果たして「この世ならざるもの」の正体とは！？

基礎テストを終え、オレンジアカデミーに戻るリコたち。帰り道でアンと出会い、一緒に帰ることに！一方、フリードはルシアスの手記や、リコの祖母であるダイアナの冒険記を読み、テラパゴスの謎を探っていた。フリードが「テラパゴスの秘密について手がかりをつかめるかもしれない」と向かった先はとある企業で…？

オレンジアカデミーに戻ったリコ、ロイ、ドット。基礎テストを終えた3人を待っていたのは、パルデア四天王との交流戦！それぞれ基礎テストを担当したジムリーダーとタッグを組み、四天王とバトルをすることに。ロイ＆コルサVSハッサク！ドット＆ナンジャモVSポピー！手に汗握るバトルの行方は─！？

交流戦ラストはリコ＆カエデVSチリ！四天王・チリとの対戦に緊張気味なリコ…。強敵を相手にニャローテとどう戦うのか―！？一方、迷子になったテラパゴスを探して校舎に向かったドット。そこで出会ったのは同じくオレンジアカデミーに通う生徒・ボタンだった…！

フリードと一緒にクラベル、オモダカの元を訪れたリコたちは、テラパゴスの情報を教えてもらう。しかし、オモダカたちも「いにしえの冒険者」「ラクア」については何も知らないよう…。「あの方の方がご存じかもしれません」と紹介されたのは、オレンジアカデミーの歴史教師・レホールで…！？

リコたちはナンデモ食堂で食事をすることに。お客さんがいない食堂は看板ポケモン・ドドゲザンの呼び込みもうまくいっていないみたいで。そんな食堂をリコたちがお手伝い!?

いよいよドットの応用テストがスタート！相手はチャンプルタウンのジムリーダー・アオキ。ドットはクワッス、カヌチャンと力を合わせ、無事合格することができるのか―!?

ロイの応用テストのためフリッジタウンを目指すリコたちは、ナッペ山にやってくる。ロイとホゲータは、初めての雪に大はしゃぎ！ナッぺ山に住むたくさんのポケモンとの交流を楽しむ一行は、山小屋で一晩休むことにする。焚火の薪を探しに行くロイとホゲータだったが、雪の中はぐれてしまって…！？

フリッジタウンに到着したリコたち。ロイの応用テストの相手は、超有名ラッパーの顔を持つジムリーダー・ライム！彼女とのバトルのためには、ライブへの飛び入り参加が必要で！？意気揚々とホゲータ、タイカイデンと共に挑戦するロイに、ソウルフルビート・ライムが牙をむく─！！

応用テスト不合格をライムから言い渡されたロイ。落ち込んでいたが、ネモの提案を受け、「すごいとっくん」をしてライムへ再挑戦することに。特訓をしながら勝利のヒントを探すロイは、ライムのある言葉を思い出す。アンタとホゲータは、なぜ歌う─？その問いかけの意味は一体…？ロイとホゲータは、ライムにリベンジすることができるのか！？

いよいよリコの応用テストの番。グルーシャに挑戦するため、ナッぺ山ジムを訪れたリコたちは、テストの待ち時間に立ち寄った「アルクジラ滑り」の店主から、グルーシャの過去を聞くことになり…。パルデア地方最強のジムリーダーと名高いグルーシャ。その実力が、リコ、ニャローテ、テブリムに襲い掛かる─！！

グルーシャとのバトルの結果、応用テスト不合格を言い渡され落ち込むリコ…。そんなリコを励まそうと、ロイとドットはリコを誘って「パルデア十景」にも数えられているというパルデア最高峰・ナッぺ山の頂上を目指すことになる。そんなリコたちを、エクスプローラーズのスピネルが監視していて…。

エクスプローラーズ・スピネルの策略により、アメジオと共にナッぺ山の洞窟に閉じ込められてしまったリコ。一方、ロイとドットの前にはサンゴとオニキスが立ちはだかり、大ピンチ！スピネルの目的は一体…！？そしてリコは、アメジオの口から「ある想い」を聞くことになる─。

テラスタル研修を終え、オレンジアカデミーに戻ってきたリコたち。親睦を深めるため、研修生同士でバトルをすることに。ジムリーダーたちもアカデミーに来て会場は大盛り上がり！そんなとき、ドットのスマホロトムにボタンから着信が…。研修生バトルの裏で、ある作戦が動き出していて！？

オレンジアカデミーの危機を救い、改めて、応用テストの合格を告げられたリコ。そんなリコの研修生バトルの相手は…まさかのロイ！？出会ってから、お互いに助け合い、高め合い、成長してきたリコとロイ、そしてニャローテとホゲータ。四天王やジムリーダーも見守る中、これまでの冒険全てをかけたバトルが始まる！！

テラスタル研修を終えたリコたちは、復活したブレイブアサギ号に乗り、再び六英雄ポケモンを探す旅に出る！ライジングボルテッカーズのメンバー・ポケモンとの再会を喜ぶリコたちに、フリードが預かっていた「いにしえのモンスターボール」を返す。すると、中から六英雄たちが現れて、リコ・ロイ・ドットは六英雄とバトルすることに！？

テラパゴスの研究をしているブライアに会うため、キタカミの里にやってきたライジングボルテッカーズ。里では収穫祭が行われており、お祭りに参加することに！フリードはお祭りで出会った少女・ゼイユのヤバソチャに興味津々。ロイとアチゲータは、屋台に置かれたとある機械を触ってしまう。すると、ふたりの中身が入れ替わって…！？

ブライアがいると言われるてらす池を目指し、鬼が山を登るリコたち。その道中、いい鉄を見つけて喜ぶカヌチャンは、ハンマーを叩き出す。気づけば、カヌチャンのハンマーもずいぶんと大きくなっていて、感慨深くなるドット。そこに野生のオトシドリが現れて、カヌチャンの鉄を持って行ってしまって…！？

てらす池にたどり着いたリコたちは、ブライアを見つける。リコが連れているテラパゴスを見たブライアは大興奮！！そんな彼女にテラパゴスのことを尋ねると、スカーレットブックを取り出し語りだす。それは、彼女の先祖・ヘザーのパルデアの大穴・エリアゼロでの冒険についてだった…。

キタカミの里で出会ったサザレが撮影した1枚の写真。それは、バサギリの写真だった！その写真は天狗山で撮ったものだと聞き、サザレと共に天狗山でバサギリ探索を始めるリコたち。しかし、野生のポケモンに襲われて、全員バラバラになってしまう…。果たして、六英雄のバサギリを見つけ出すことはできるのか─！？

ついに姿を現した六英雄のバサギリ！さらに、いにしえのモンスターボールからラプラスが飛び出してくる。2体の関係は一体…！？そして、リコたちの力を試すかのようにふるまうバサギリに、リコ・ロイ・ドットはバトルを挑む！！ 鍛え抜かれたバサギリの技─。リコたちの全力は通じるのか！？

リコの祖母・ダイアナが再び船にやってきた。リコの成長を確かめるため、ダイアナとウインディとバトルをすることに…！？そして、ダイアナから語られる、世界中をまわって新たに掴んだルシアスの秘密…。それは、ルシアスとエクスプローラーズの繋がり、そして、エクスプローラーズを作った3人の冒険者についてだった…！

再びてらす池を訪れたリコたちはリスタルと出会う。リスタルが語るかつてのエクスプローラーズの冒険譚。楽園・ラクアを目指した3人はどのようにして出会ったのか。そして彼らはラクアで何を見たのか─。今、はるかな時を超えて100年前の知られざる冒険が明らかになる─！！

エンテイの居場所を掴むため、フリードの紹介でソーダヨという人物に会うことになったリコたち。サバンナに降り立つも、いきなりリキキリンに襲われてしまう！そんな中、突然現れた「真実のポケモンジャーナリスト」を自称する男・ソーダヨ。彼は、かつてライジングボルテッカーズのメンバーだった！？

ランドウの故郷・アサギシティにやってきたリコたち。そこで、往年の映画スター・ギンジロウの熱烈なファンである釣り船屋のマモルと出会う。ギンジロウが出演した「VSサメハダー」シリーズへの熱い思いを語るマモル！ギンジロウの姿は、以前遭遇した海のヒーロー・マイティGとどこか似ていて…？

エンテイの目撃情報を元に、群島にやってきたリコたち。辺りを探すも中々手がかりが見つからない。その日の夜、群島に突如として轟く咆哮！そして、海中から隆起する大地、噴き出す溶岩…！とうとう、伝説のポケモン・エンテイが姿を現す─！エンテイとの炎のバトルが今始まる！！

さらなるエンテイの情報を求めパルデア地方に戻ったリコたちは、ポケモンリーグ委員長であるオモダカに会いに行く。パルデアの大穴・エリアゼロに立ち入る許可を求めるが、オモダカが出した条件はポケモンバトルで彼女に勝利することだった…！リコ、ロイ、ドットVSオモダカ！トップチャンピオンを相手に、リコたち3人はどう挑むのか─！？

エンテイが目撃されたエリアゼロにやってきたリコたち。ブライアと共に、エンテイが目撃された場所へと移動する。一方、リコたちを尾行するサンゴは変わった姿のプリンと遭遇…！そして、怒り狂うパラドックスポケモン・イダイナキバに対抗して、タッグを組んで応戦することに…！？

エリアゼロにて、リコたちはエンテイを発見！しかし、普通のエンテイとはなんだか様子が違うみたいで…。リコ、ロイ、ドットはフリードの力も借りてバトルに挑むも、ほのおタイプのエンテイに有効なはずのわざも、いまいち効いていない！？一体なぜなのか…。リコたちはエンテイを攻略することはできるのか…！？

再びリコ、ロイたちの前に現れた黒いレックウザ！レックウザに認められるため、全員でバトルを挑む！地形を生かした連携プレイを仕掛けるが、圧倒的なパワーのレックウザに少しずつ追い詰められていき…。リコの願い、ロイの想い─。最後の六英雄との激闘の先に待つものとは─！？

レックウザに導かれ、ラクアへと向かうリコたち。その頃アメジオは、スピネルの企みを探るため、エクシード社に潜り込んでいたが、警備員に見つかり捕らわれてしまう。そこにある人物が現れ…？100年前の祖父ギベオンとルシアスの因縁を知ることになるアメジオ…。彼が下す決断とは─！？

レックウザに導かれ辿り着いたのは、天高くそびえる山。その麓にあるクムリタウンで、リコたちはラクアについての聞き込みを開始する。しかし、町で出会った少年・ユハから「町から出ていけ！」と詰め寄られてしまう。どうやら町には「黒いレックウザが現れると災いが起きる」という伝承があるらしく…！？

ようやくクムリ山の山頂にある、ラクアに到達したリコたち。そこには豊かな自然とたくさんの野生ポケモンが穏やかに暮らす、まさに楽園のような光景が広がっていた！その様子に感動しながら、100年前のルシアスの痕跡を見つけるために探索をはじめる。しかし、そんなリコたちをあるポケモンが監視していて…。

ラクアの中心地で、100年前に自身で張ったバリアを解除するパゴゴ。そこに突如として現れたのはエクスプローラーズ。ラクリウムを手に入れる為、彼らはバリアが解除されるタイミングを待ち構えていたのだ…！フリードＶＳスピネル、リコＶＳオニキス、ロイＶＳサンゴ、ドットＶＳアゲート─。ラクリウムを巡り、ラクアでの決戦が始まる─！！

ジガルデを使ってラクリウムを掘り起こそうとするギベオン。そんなギベオンの前にアメジオがやってくる。アメジオが祖父に語る言葉とは…。そして、溢れるエネルギーを目撃したリコたちも駆けつける。ラクリウムの採掘を止めようとするリコたち。その時、ラクリウムの結晶が砕け、中から現れたのは─！？

ラクリウムの結晶を前にして、リコたちはギベオンと対峙する！圧倒的な強さで近づくことさえ難しい強敵・ジガルデを相手に、リコ、ロイ、ドット、さらにはアメジオも加わり激しい攻防を繰り広げる！四人で共闘していく中で、少しずつ隙を見つけジガルデに迫っていくリコたちだったが…。

ついにパゴゴと六英雄の力によって、ラクリウムを浄化することに成功。全て終わったと思ったのも束の間、スピネルが突如「ラクアを占拠する」と宣言。ある手段で六英雄を暴走させる…。暴れる六英雄たちによって崩壊するラクアからの脱出を図るリコたち。ラクアを目指したリコとロイの冒険、その先で待っていたものとは─！？

ラクアでの決戦から一年。キャプテンピカチュウと共に冒険を続けるロイは、異常な行動をするポケモンの情報を知り、調査する。そこに、ヤミラミを連れた少年・ウルトも現れて…。ロイとウルトが森で目撃したのは、ラクリウムの影響で暴走するケッキング！？消滅させたはずのラクリウムがなぜ─？一方、リコはセキエイ学園に通っており…。

ラクアでの決戦後、セキエイ学園に戻り学生生活を送るリコ。テラパゴスのパゴゴは力を使い果たしたのか、あれから一度もモンスターボールから出てこない…。そんなリコの元に、ロイがやってくる。ロイはラクリウムの痕跡を見つけたと語り、完全に消滅させるためにはリコの力が必要だと伝えるが─。

ライジングボルテッカーズの真実を取り戻すべく再び旅に出たリコとロイは、ドットから情報を得て、ラクリウムの影響を受けたポケモンを追う。向かった先で見つけたのは、地面に空いた無数の穴とラクリウムの痕跡…！そこに突如現れたのは、狂暴化したハガネール！鉄壁の防御を誇るハガネールを前に、リコとロイはどう挑むのか─！？