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のちに新選組となる壬生浪士組、通称“ミブロ”の新たな物語の幕が明ける。大阪を訪れたミブロの面々。そこでにおと近藤は、山崎丞と出会う。一方、太郎は芹沢に意外な場所へ連れていかれ…。

芹沢の暴走を止めた近藤は、にお、山崎と共に奉行所へ向かう。しかし道中、太郎から事の真相を、山崎から奉行所の腐敗を聞き、太郎の願いを叶えるためにある決断を下す…。

無駄な争いを避けるため、ミブロを強く大きくしようと新隊士を募集することに。曲者や荒くれ物も多い志願者達に対し、土方は「全員合格だ」と告げる。果たしてその真意は⁉

組織の拡大とともに近藤派と芹沢派の対立が激化。事態を収束させるべく、土方はミブロの長を投票で決める案を決行。拮抗した状況の中、ミブロの長に選ばれたのは…

「お役に立てる仕事をください」太郎は覚悟を決め、芹沢に申し出る。しかし、そんな太郎に芹沢が与えた仕事は、におに毒を飲ませろ、というものだった…。

夜の見回りで、土方は一人の少女と出会い、自分が守るべきものを再確認する。そんな中、大和屋で火事が発生。土方たちが現場に向かうと、衝撃の光景が広がっていた…。

御所で危急の動きがあり、会津から御所内警備の任務を命じられたミブロ。におたちは急ぎ御所へ向かうが、門番との諍いが起きてしまう。そこに“あの男”が駆けつける…！

新見の死をきっかけに激しく動き出す“芹沢暗殺”。土方が主導で進めることとなり、はじめに任務が与えられた。それは、最期まで芹沢に尽くすつもりの太郎を救うことで…。

運命の日。宴が始まり、隊士らが盛り上がる一方、土方たちは緊張感を高めていた。覚悟を決めた土方が言う、「こっから先は修羅の道だ」。ついに、芹沢暗殺計画が始まる！

「通すわけにはいかねぇ」。最期まで芹沢に付き従う覚悟の太郎を止めるべく、はじめが立ちはだかる。そんなははじめを見て、太郎は決意の表情で刀を抜く！

勝負をかけることを決意した沖田は二刀を手にし、芹沢と対峙する。沖田と芹沢、ともにミブロの中でも随一の剣の腕を持つ二人の戦いの結末は…！？

土方と沖田の前から、重傷の芹沢が忽然と姿を消す。それは、におの手引きによるものだった。そして芹沢がにおに案内された場所には、芹沢が待ち望んでいた“あの人物”が立っていた…。

ついに実現した芹沢と近藤の一騎打ち。命を燃やし尽くすがごとく戦う芹沢の姿の中に、におが見た生き様とは！？また、太郎とはじめの戦いもついに決着が…

近藤にミブロの全てを託し、芹沢は旅立った。大きな存在を失ったミブロは、隊内の長州の間者を斬る等、変わり始めていた。そして、にお、はじめ、太郎の3人も…。