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日后成为「新选组」的壬生浪人集团「壬生浪」，崭新篇章正式开始。壬生浪一行人造访大坂。在那儿，仁央与近藤遇见了山崎丞。与此同时，太郎则被芹泽带往意想不到的地方……。

近藤制止失控的芹泽后，为了平息纷争，带着仁央与山崎正准备前往奉行所，追上来的太郎道出了事件真相。为了实现太郎的恳求，近藤做出大胆的决定。等待着芹泽的，究竟会是什么样的处分？

为了避免无谓的争斗，决定招募新队员以壮大壬生浪。面对性格古怪且粗鲁的应征者们，土方却宣布“全员合格”。他的真实意图究竟是什么！？

随着组织的扩大，近藤派与芹泽派之间的对立日益激化。为了平息事态，土方决定通过投票选出壬生浪的头领。在势均力敌的局势中，最终被选为壬生浪头领的是……

“请给我一份能派上用场的工作。”太郎下定决心，向芹泽提出了请求。然而，芹泽交给太郎的任务，竟然是让他给仁绪喂毒药……

在夜间巡逻时，土方遇见了一名少女，并再次确认了自己应当守护的事物。就在这时，大和屋发生了火灾。当土方一行人赶到现场时，冲击性的景象展现在他们眼前……。

御所发生紧急事态，壬生狼接到会津藩的命令负责御所内的警备任务。仁绪一行人急忙赶往御所，却与守门人发生了冲突。就在这时，“那个男人”赶到了……！

以新见的死为契机，“暗杀芹泽”的计划开始剧烈推进。行动由土方主导，而下达给斋藤一的第一个任务，竟然是为了救出打算为芹泽效忠到最后的太郎……

命运之日。宴会拉开帷幕，就在队员们兴致高昂之际，土方等人却愈发紧张。下定决心的土方说道：“从这里开始就是修罗之路了。”终于，暗杀芹泽的计划开始了！

“我绝不会让你过去。”为了阻止决心追随芹泽到最后一刻的太郎，一站了出来挡在面前。看着这样的一，太郎带着决绝的神情拔出了刀！

下定决心一决胜负的冲田手持双刀，与芹泽对峙。冲田与芹泽，这两位在壬生狼中也算得上是顶尖剑客的人，他们战斗的结局究竟会是如何……！？

受了重伤的芹泽在土方和冲田面前消失得无影无踪。这其实是仁绪暗中接应的结果。而在仁绪带芹泽去的地方，正站着芹泽苦苦等待的“那个人”……

芹泽与近藤的决斗终于上演。看着芹泽仿佛燃尽生命般战斗的身影，仁绪将他的生存方式铭刻在了心中。 面对伤痕累累的芹泽，近藤默默地陪他进行这场在外人看来毫无意义的决斗。芹泽由此再次确信，近藤才是他唯一认可的天下第一武士，并宣布将壬生狼的一切都托付给他。 与此同时，在另一处，太郎与一的战斗也终于分出了胜负。面对痛哭流涕的太郎，一对他说了几句话。

芹泽将壬生浪的一切托付给近藤后，便踏上了旅程。 失去了一个巨大的存在后，壬生浪变了。为了肃清潜伏在壬生浪内部的长州间谍，他们甚至会采取让对方放松警惕等冷酷无情的手段。 面对主张“现在的壬生浪做法是错误的”仁绪，土方回答道：“我不会再把你当小孩子看待了。”两人之间出现了以往从未有过的意见冲突。 就在这样的局势中，仁绪、一、太郎三人各自心怀信念，再次迈步向前……