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人生に希望を持てない女子高生・ナギは、白昼夢に悩まされていた。その夢は、崩壊の危機が迫る「ウーパナンタ」の世界へと繋がっていた。アクタ空団は悪のジャイロに戦いを挑むも、落ちこぼれ団員タイムを守ったアクタがジャイロの特殊な能力によって消し去られてしまう。英雄を失ったウーパナンタはどうなってしまうのか？

アクタが生きていると信じて疑わないタイムは不思議な書物に導かれ、異端の学者・サイラと謎の解明に取り掛かる。一方、横須賀で暴行事件を起こしたアクタは弁護人の女性・虹咲と出会い、人生が大きく変わりはじめる。その頃、ナギは夢の謎を解くためにハナの部屋へ足を踏み入れるが、そこで信じられない出来事に遭遇する。

ハナの部屋に現れたのは、ウーパナンタからやってきたタイムとガフィンだった。警戒し合いながらも、言葉が通じることで打ち解け合ったナギ、ソン、タイムの３人は、ウーパナンタの崩壊を止めるべくアクタ探しを始める。しかし彼らの行先には思わぬ落とし穴が待ち受けていた。

猿島にやってきたタイムたち。３人がそこで目にしたのは、変わり果てたアクタの姿だった。ウーパナンタには戻らないと断言されたタイムは、アクタに決闘を申し込む。

アクタ空団のケイトはサイラとともに、ジャイロに再戦を挑んでいた。その時、ハナの部屋に異変が起き、ウーパナンタにいたはずのサイラが現れる。驚くナギとソンをよそに、サイラはハナの秘密を話し始める。一方、タイムもまたハナの秘密をスペースから聞く。そこにはスペースの知られざる過去とある目的が隠されていた。

タイムたちは、ハナのいる病室に向かう。ハナと数年ぶりの再会を果たすナギと父親・タイチ。その時、ウーパナンタの創造主であるハナを殺すためにある人物が突然現れる。

ナギの犠牲に打ちひしがれるタイムたち。その時、叫びのような咆哮が響き渡り、ガフィンの能力が覚醒する。そして、飛び立つガフィンに導かれるように、あの人が目覚める。揺るぎない正義をぶつけるアクタとスペースの最終決戦が、いま始まる。

アクタとスペースのドラゴンがやってくる。しかしどちらのドラゴンもピュトンピュトに操られて凶暴化していた。これ以上誰も傷つけたくなかったタイムは、ピュトンピュトを止めるべく「古の理」にいくことを決意。それぞれが最後に辿り着く場所とは。